Ohranjanje ekosistemov je obsežen načrt, ki skuša ohraniti vse vrste rastlin in živali na geografskem območju z upravljanjem naravnih virov. Medtem ko se lahko številne vrste ohranjanja osredotočajo na eno področje, kot je kakovost zraka ali vode, ohranjanje celotnega ekosistema upošteva vse. Ta pristop pogosto zahteva, da strokovnjaki na različnih področjih sodelujejo za skupno dobro. Čeprav lahko predstavlja težaven izziv, je lahko ohranjanje ekosistemov tudi ena izmed bolj produktivnih oblik ohranjanja virov.
Ta vrsta strategije upravljanja ali ohranjanja vključuje posebne ukrepe za pomoč pri zaščiti ekosistema. Prvi je prepoznavanje težave in iskanje možnih vzrokov. Ko so te stvari identificirane, se oblikuje rešitev. Naslednji korak je pogosto javno izobraževanje za ozaveščanje, pridobivanje podpore in zbiranje sredstev za predlog. Večina tistih, ki so vključeni v ta pristop ohranjanja, poskuša zagotoviti javno in zasebno financiranje. Izvajanje se lahko začne šele, ko je to financiranje ali vsaj določen odstotek zagotovljeno.
Osnovna ideja pristopa k ohranjanju ekosistemov je, da so vsi sistemi medsebojno povezani. Čeprav je onesnaženost vode lahko drugačna od onesnaženja zraka ali onesnaženja tal, imajo vsi vlogo v življenju rastlin in živali v določenem ekosistemu. Da bi torej živim organizmom na tem območju dali najboljšo možnost za zdravo življenje, je treba z vsemi obravnavati in jih čim bolj izboljšati.
Metoda ohranjanja ekosistema je v neposrednem nasprotju z metodami, ki se osredotočajo samo na eno vrsto. V takih primerih lahko cilj reševanja določene vrste spregleda druge pomembne dejavnike, ki vplivajo na to vrsto. Ti drugi dejavniki bi lahko bili najprej odgovorni za upad vrste. V nekaterih primerih celo obnova vrste morda ne bo prinesla dolgoročne koristi brez celovitejšega pristopa k upravljanju ekosistema.
Eden tipičnih poudarkov ohranjanja ekosistema je povezovanje procesa s potrebami in vrednotami ljudi. Čeprav se to morda zdi malo sebično, se tisti, ki so vključeni v ta pristop ohranjanja, strinjajo s prepričanjem, da je večja verjetnost, da bodo ljudje pomagali okolju, ko vidijo korist. Te koristi bi lahko vključevale čist zrak in pitno vodo za ljudi na določenem območju, povečanje ali ohranitev možnosti za rekreacijo na prostem in celo gospodarske koristi. Vse to bi lahko igralo vlogo pri sprejemanju in podpori, ki jo prejme projekt upravljanja. Navsezadnje smo tudi ljudje del ekosistema.