Ogroženi ekosistem je naravno okolje, ki mu med drugimi dejavniki grozi propad in izginotje zaradi človekove dejavnosti, onesnaženja in izumrtja vrst ali prenaseljenosti. Živa in neživa bitja medsebojno delujejo, tvorijo medsebojno odvisne odnose ter si izmenjujejo energijo in snov v ekosistemih, ki so lahko tako veliki kot planet ali tako majhni kot ribja posoda. Ko se prekine soodvisnost med vrstami okolja ter fizikalnimi in kemičnimi dejavniki, postane ekosistem ogrožen in lahko popolnoma razpade. Posledice propada ekosistema vključujejo množično izumrtje, rast populacij vrst brez nadzora, motnje oskrbe ljudi s hrano, erozijo, poplave, pospeševanje podnebnih sprememb in razpad velikih območij naravnega okolja.
Obstaja veliko naravnih in človeških vzrokov ogroženega ekosistema, vzrokov, ki pogosto motijo prehranjevalno verigo in fizično okolje ekosistema. Prelov določenih vodnih vrst, kot so morski psi ali modroplavuti tun, lahko škodljivo vpliva na prehranjevalno verigo z izčrpavanjem velikih plenilcev, ki preprečujejo, da bi populacije manjših vrst ušle izpod nadzora. Brez velikih plenilcev se bodo številne vrste razmnoževale, ki presegajo zmožnost neposrednega okolja, da jih podpira, kar bo povzročilo zmanjšanje virov in hrane ter ogrožen ekosistem.
Ko so viri trenutnega ekosistema izčrpani, se lahko prekomerno razmnožena vrsta preseli v novo okolje, kjer lahko postane invazivna in uničujoča. Vrste lahko v ekosistem vnese tudi človek, da bi nadzoroval populacijo avtohtone živali ali žuželke, vendar imajo namesto tega moteč učinek.
Onesnaževala imajo lahko domino učinek na ogroženi ekosistem, tako da uničijo fizično okolje in ubijejo ali mutirajo vrste. Na primer, onesnaževalo, vneseno v vodni ekosistem, lahko ubije rastline, ki jih uživajo večje ribe in raki. Te rastlinojede vrste začnejo umirati in tako izčrpajo vire hrane mesojedim plenilcem sistema, ki prav tako v velikem številu poginejo ali se preselijo v nov ekosistem v iskanju preživetja. Poleg tega lahko onesnaževala povzročijo mutacijo vrste ekosistema, kar ima za posledico vse od neplodnosti do dodatnih okončin in motečih telesnih napak.
Gradnja, razvoj in druge človeške dejavnosti, vključno z lovom, lahko povzročijo ogrožen ekosistem. Nepravilno voden ali pretiran lov lahko oslabi populacijo vrste, tako da odstrani živali hitreje, kot se lahko razmnožijo, in tako prekine prehranjevalno verigo. Gradnja in razvoj lahko uničita fizično okolje ekosistema, od katerega so žive vrste odvisne za preživetje. Če ogroženih vrst ekosistema ni mogoče uspešno preseliti, jim lahko grozi izumrtje.