Notranji motor je tisti, pri katerem je le majhen del pogonske gredi, skupaj s propelerjem, potopljen v vodo. Običajno se v takih primerih glavni del notranjega čolna motorja nahaja znotraj čolna, običajno blizu središča, zlasti pri manjših plovilih. Notranji čolnski motorji imajo nekaj prednosti in slabosti, ko gre za križarjenje po vodi.
V večini primerov so vgrajeni motorji za smučanje na vodi in morda splošno križarjenje. Običajno potrebujejo manj časa, da dosežejo letalo in ne povzročijo, da se lok dvigne toliko kot izvenkrmni motor, ko dosežejo to letalo. To je odlično tudi za čolnarje, ki jih skrbi tistih nekaj sekund, ko morda ne bodo mogli neposredno videti, kaj je pred seboj. Vgrajeni motor to omogoča, ker ne izgublja toliko energije pri dvigovanju sprednjega dela čolna.
Poleg tega je notranji motor priljubljen za smučarje, ker ohranja več čolna v stiku z vodo. To lahko olajša prebujanje in bolj gladko smučanje. Kljub temu bodo nekateri smučarji morda raje imeli izziv, ki je priložen večjim prebujam, in jih raje za dejavnosti, kot je skakanje po budnici.
Nekaj pa se odreče tudi z notranjim motorjem. Dejstvo, da je v tako velikem stiku z vodo, vsaj v primerjavi z izvenkrmnimi motorji, pomeni, da imajo čolni bistveno večji upor. To lahko upočasni čoln v primerjavi z izvenkrmnimi motorji podobnih konjskih moči. Zato vgrajeni motor morda ni najboljša izbira, če je hitrost pomemben dejavnik.
To je le eden od razlogov, zakaj turnirski ribiči, kot so tisti, ki lovijo brancina ali druge vrste divjadi, raje uporabljajo izvenkrmne motorje. Prav tako ima motorni čoln z vgrajenim motorjem omejeno zmožnost nagibanja pogonske gredi navzgor, da pride v plitke vode, kjer so včasih ribe. To primerjamo z izvenkrmnimi motorji, ki jih je običajno mogoče v celoti ali skoraj popolnoma dvigniti iz vode za dostop do takšnih območij.
Nekateri trdijo, da notranji motorji običajno trajajo dlje kot izvenkrmni. Vendar pa je to mogoče razložiti kot osebno preferenco ali stvar sreče. Dvotaktni motorji se ponavadi obrabljajo hitreje kot štiritaktni motorji, notranji motorji pa so večinoma štiritaktni motorji. Vendar pa so tudi sodobni izvenkrmni motorji skoraj vsi štiritaktni, zaradi česar ta razlika ne velja več, vsaj za novejše modele. Notranji motor tudi običajno stane malo več kot primerljiv izvenkrmni motor, kar lahko nekaterim daje občutek, da je kakovost le nekoliko boljša.