Niša matičnih celic je v bistvu lokacija v telesu, v kateri je mogoče najti matične celice. Besedna zveza se tehnično nanaša na poseben del vsakega splošnega področja tkiva, za katerega se domneva, da vsebuje matične celice. Veliko različnih lokacij v telesu odraslega človeka vsebuje nišo izvornih celic, kot so kostni mozeg, koža in jetra. Poleg tega so matične celice v zarodkih v izobilju. Matične celice so v bistvu nespecializirane celice, ki se lahko kasneje naučijo opravljati specializirano funkcijo in s tem popraviti poškodovano tkivo.
Specifično mikrookolje, v katerem se nahajajo matične celice, se imenuje niša matičnih celic. Pri ljudeh lahko med drugim najdemo niše izvornih celic v kostnem mozgu, možganih, krvnih žilah in srcu. Moška moda in ženski jajčniki vsebujejo tudi nišo izvornih celic, prav tako popkovina, ki povezuje mater z otrokom. Ko je matična celica odstranjena iz svoje niše, se ne more tako deliti, kar je potrebno, če se želi prilagoditi za izpolnjevanje druge funkcije v telesu. Znanstveniki iščejo načine za gojenje več izvornih celic z uporabo “celične kulture”.
Običajno matične celice zasedajo nišo matičnih celic, dokler jih telo ne potrebuje za zamenjavo poškodovanega tkiva. Znotraj niše se matične celice običajno ne delijo in ostanejo v mirovanju, dokler niso potrebne. Niša matičnih celic je tehnično določena lokacija znotraj vsakega splošnega območja tkiva, v katerem prebivajo matične celice. Na primer, znotraj kostnega mozga se matične celice nahajajo blizu celic osteoblastne obloge.
Znanstveniki iščejo nove nišne lokacije izvornih celic zaradi koristi, ki bi jih lahko imele matične celice za medicino. Matične celice so v bistvu celice, ki še niso razvile specializirane funkcije za delovanje v telesu. To dejstvo pomeni, da se lahko ena matična celica spremeni v nevron, specializirano možgansko celico ali celico trebušne slinavke, ki izloča inzulin, odvisno od tega, kako je kultivirana. Koktajli različnih kemikalij se dodajajo pri gojenju matičnih celic, da simulirajo specifično okolje, v katerem so potrebne za delovanje.
Nekatere niše matičnih celic se nahajajo v zarodkih. Razlog za to je, da ima veliko manj celic, ki sestavljajo plod, specializirane funkcije, ker se še razvijajo. Te vrste niš matičnih celic vsebujejo več uporabnih matičnih celic, ker jih pred uporabo ni treba »ponovno poživiti«. Vendar je uporaba zarodkov povzročila, da so raziskave izvornih celic kontroverzna tema.