Na področju genetike populacijska genetika preučuje, kako pogosto se pojavijo specifične kopije genov – ali alelov – in kako delujejo z drugimi aleli iz drugih genov. Proučuje tudi, kako evolucijski procesi, kot so naravna selekcija in mutacije, vplivajo na alele. Porazdelitev alelov je lahko neodvisna od drugih alelov na drugi lokaciji ali pa nanjo vplivajo drugi aleli. Kadar porazdelitev alela ali alelov ni neodvisna od drugih alelov, se to imenuje neravnovesje povezave.
Evolucija organizma poteka z genetskimi variacijami. Različne kombinacije genov in različne kombinacije alelov različnih genov vodijo do različnih fenotipov organizmov. To pomeni, da genetske variacije proizvajajo organizme vrste, ki so si podobni, vendar lahko izgledajo drugače in delujejo drugače. Genetske variacije lahko naredijo organizem bolj ali manj uspešen v smislu preživetja in razmnoževanja. Teorija naravne selekcije pravi, da evolucija poteka s preživetjem najmočnejših ali preživetjem tistih, ki so uspešnejši pri prenosu svojih genov.
Geni niso samostojne enote, ki se sami prenašajo na potomce. Namesto tega na gene vpliva okolje in tudi drugi geni. Genetska koadaptacija je izraz, ki se uporablja za označevanje tega, kako dobro geni medsebojno delujejo z drugimi geni. Naravna selekcija daje prednost tistim alelom, ki dobro delujejo z aleli drugih genov na različnih lokacijah v DNK. Genetska koadaptacija lahko obstaja med aleli nekaterih genov, drugih pa ne.
Na primer, gen A in gen B imata vsak po dva alela, ki sta A1 in A2 ter B1 oziroma B2. Če organizem podeduje A1 in B1 ali A2 in B2, se lahko v tem primeru domneva, da je bolje prilagojen za preživetje, kot če podeduje A1 in B2 ali A2 in B1. To pomeni, da bi bile z naravno selekcijo genetske kombinacije A1B1 in A2B2 dale prednost, saj je bolj verjetno, da bo organizem s temi aleli preživel in se razmnoževal. Kot taki naj bi bili ti aleli v neravnovesju povezave, saj se ne bi naključno prenesli na potomce, ampak so namesto tega dani nekateri pari prednost.
Neravnovesje povezav se meri s primerjavo frekvenc alelov znotraj populacije, vendar ni trajno. Naključno parjenje med organizmi lahko privede do zmanjšanja pojavljanja povezanih alelov. Do trajnega neravnovesja povezave lahko pride, če ena kombinacija povzroči višjo raven telesne pripravljenosti organizma, na primer, ko druga kombinacija povzroči smrtonosno mutacijo v zigoti. Bolj ko so lokacije alelov narazen, težje je vzdrževati neravnovesje povezave.