Da bi preprečili težave, kot so nastajanje vodnega kamna in obraščanje, se voda običajno obdela, preden vstopi v kotel. Ta napajalna voda kotla je lahko izpostavljena različnim postopkom, vključno z odzračevanjem, filtriranjem in predgretjem. Jedki elementi, kot sta ogljikov dioksid in kisik, lahko poškodujejo notranje komponente kotla ali pripadajoče cevi in cevi, usedlina v napajalni vodi kotla pa lahko zmanjša učinkovitost sistema ali povzroči nabiranje blata. Napajalna voda kotla je lahko podvržena različnim količinam kondicioniranja, odvisno od sistema, čeprav večina aplikacij uporablja eno ali več metod. Voda, ki se uporablja pri proizvodnji električne energije, je običajno izpostavljena večini možnih metod kondicioniranja in je pred vstopom v kotle tudi predhodno segreta.
Kotel je zaprta posoda, ki se lahko uporablja za pripravo tople vode ali pare, ki se nato lahko uporablja v različnih procesih. Zaradi pritiska in toplote lahko morebitne nečistoče ali onesnaževalci v napajalni vodi kotla povzročijo težave v ogrevani posodi ali napravi, v katero pošilja toplo vodo. Različne emisije, ki jih povzroča neobdelana napajalna voda, lahko zmanjšajo učinkovitost kotla ali ga celo uničijo, skupaj s hladilnimi rebri ali drugimi cevmi in cevmi, skozi katere prehaja vroča voda ali para.
Apno in druge usedline lahko povzročijo težave z nabiranjem vodnega kamna ali blata. Primarne težave, povezane z vodnim kamnom in blatom, so povezane s prenosom toplote, zaradi česar lahko kotel postane manj učinkovit. Umazana enota morda ne segreje dovolj vode ali pa potrebuje prekomerno toploto za proizvodnjo pare. Če se lestvica razširi na druge dele sistema, lahko tudi ti trpijo zaradi zmanjšane učinkovitosti. V ogrevalnem sistemu s kotlom se to lahko kaže v radiatorjih, ki ne proizvedejo dovolj toplote, resno kopičenje pa lahko v celoti blokira cirkulacijo v sistemu.
Druga težava, ki jo lahko povzroči nepravilna kondicioniranje napajalne vode kotla, je korozija. Primarni element, ki sodeluje pri tej vrsti korozije, sta ogljikov dioksid in kisik, ki se običajno raztopita v vodi iz zraka. Za odstranjevanje velikega dela kisika in ogljikovega dioksida v vodi se lahko uporabi deaerator, čeprav se lahko uporabijo tudi kemični čistilniki kisika. Napajalno vodo kotla je običajno treba prilagoditi tudi na določeno raven alkalnosti, saj bo prišlo do kakršne koli oksidacije, če je pH nižji od devet. Če teh korakov ne izvedete, lahko kovinske komponente kotlovskega sistema korodirajo in lahko puščajo ali odpovejo pod pritiskom.