Najpogostejše zdravljenje hipoksije se razlikuje glede na posameznega bolnika in razloge za njegovo hipoksijo. Obstajajo različna stanja, ki lahko povzročijo hipoksijo, pri čemer je za vsako od njih potreben poseben načrt zdravljenja. Eno običajno zdravljenje hipoksije, ki se uporablja za različne vzroke, je dati bolniku velike količine kisika, da se ravni v krvi vrnejo na normalno. Temu bo sledilo individualno zdravljenje osnovnega vzroka hipoksije.
Hipoksija je stanje, pri katerem telesni sistem dalj časa nima kisika. To lahko privede do smrti celic na tem območju, kar pogosto povzroči trajno poškodbo ali celo smrt. Najpogostejša vrsta hipoksije je možganska in se pojavi, ko posameznik ne more dihati dovolj kisika zaradi drugih hlapov ali plinov, ki so v zraku, pomanjkanja razpoložljivega kisika na višjih nadmorskih višinah ali nezmožnosti absorpcije kisika iz pljuča zaradi bolezni.
Ko bolnik trpi zaradi tega stanja, je najpogostejše zdravljenje hipoksije, da mu damo veliko kisika, da se vzpostavi telesno ravnovesje. Če je bilo stanje posledica višjih nadmorskih višin ali drugega začasnega vzroka, je to morda edino zdravljenje, ki je potrebno, če ni več škode. Verjetno bodo izvedeni testi za preverjanje možganske aktivnosti in za preverjanje morebitnih zapletov. Pogosto, če pride do poškodbe možganov, je lahko nepopravljiva.
Obstaja tudi veliko pogojev, ki lahko povzročijo hipoksijo. Vse, kar lahko povzroči omejevanje pljuč in težave z dihanjem, je povezano s povečanim tveganjem, vključno z astmo in rakom pljuč. Najpogostejše zdravljenje hipoksije pri pljučnih boleznih je odstranitev morebitnih blokad, tako da lahko bolnik bolje diha, bodisi z zdravili ali operacijo, in včasih bolnika priklopimo na oskrbo s kisikom, da zagotovimo, da dobi ustrezne količine. V nekaterih hujših primerih bo morda potreben ventilator.
Možganske kapi so še en vzrok za znižanje ravni kisika. Najpogostejše zdravljenje hipoksije v tem primeru je najti blokado, ki vodi do možganov, in jo odstraniti. Običajno zamašitev povzroči krvni strdek ali strjene arterije, skozi katere kri ne more več učinkovito teči. Zdravila za odstranjevanje strdkov lahko včasih raztopijo ali razbijejo strdek. Zdravila, kot je aspirin, lahko pomagajo tudi pri lajšanju hipoksije, ki jo povzroči možganska kap, tako da redči kri in ji omogoči bolj svoboden pretok skozi tesne arterije. Da bi prišli do korenine možganske kapi, ki je običajno posledica visokega holesterola ali visokega krvnega tlaka, je treba izvajati nadaljnjo oskrbo.