Za spremljanje kakovosti opravljenega dela v laboratoriju je treba vzpostaviti določene sisteme. Mikrobiološki laboratorij analizira vzorce in lahko tudi preveri, ali industrijski ali znanstveni procesi delujejo pravilno. Kontrola kakovosti v mikrobiologiji zato uporablja dokumentacijo za beleženje dogajanja v celotnem procesu in za določitev težav, ki vplivajo na te procese.
Bolnišnice, industrija in raziskave so področja, na katerih so dejavni mikrobiologi. Da bi dobili čim bolj natančne rezultate, mora upoštevati pravila. Ta pravila zagotavljajo, da so materiali primerni za namen, da so analitiki pravilno usposobljeni in da se postopki pravilno upoštevajo. Na ta način je mogoče zmanjšati napake in ugotoviti vir težave.
Mikrobiologi identificirajo mikroorganizme, kot so bakterije in glive, za preživetje. Pomen tega je odvisen od področja, na katerem delajo. Varnost hrane je en tak primer. Proizvajalci živilskih izdelkov bodo morda potrebovali mikrobiološki laboratorij, da preverijo, ali so v hrani prisotni nevarni mikrobi.
Farmacevtska podjetja izdelujejo zdravila za uporabo pri ljudeh ali živalih. Če je izdelek kontaminiran z mikrobi, lahko to negativno vpliva na bolnika. Kontaminacija je še posebej nevarna, če je izdelek zdravilo za injiciranje, kjer se mikrobi lahko vnesejo neposredno v telo.
Bolnišnični mikrobiologi testirajo vzorce bolnih bolnikov. Če najdejo mikrob, ki povzroča bolezen, lahko zdravniki učinkovito zdravijo bolnika. Raziskovalni mikrobiologi analizirajo mikrobe v znanstvene namene in njihove ugotovitve so lahko pomembne za javno zdravje ali prihodnje raziskave.
Namen vsakega mikrobiologa je pravilno prepoznavanje mikroba, ki je prisoten na določenem območju. Ko je mikrob identificiran, bo morda moral mikrobiolog izslediti tudi vir kontaminacije in odpraviti težavo. Morda bo moral tudi svetovati o pravilni metodi za rešitev težave in preprečitev njenega v prihodnosti.
Osrednja točka teh odgovornosti je natančna identifikacija vpletenega mikroba. Mikrobiološki testi se zlahka kontaminirajo z drugimi, nepomembnimi mikrobi, zaradi česar je celoten test netočen in vsa nadaljnja dejanja neuporabna. Kontrola kakovosti v mikrobiologiji je zato izjemno pomembna, da je testiranje uporabno.
Laboratorijski analitiki morajo poznati pravi način opravljanja nalog. Da se jih naučijo, lahko sledijo postopkom usposabljanja, ki pisno določajo najboljši način za opravljanje nalog. Vsak postopek je enak za vsakega analitika. Del kontrole kakovosti v mikrobiologiji je vodenje evidence usposabljanja, da se pokaže, da je analitik znal pravilno opraviti nalogo.
Nato mora analitik upoštevati pravila za vsak posamezen test, ki ga opravi na vzorcih. Ta pravila preprečujejo kontaminacijo testa in zagotavljajo, da jih bo test identificiral, če so v vzorcu prisotni ustrezni mikrobi. Tipičen preskusni postopek, ki se na nekaterih področjih imenuje standardni operativni postopek (SOP), opisuje način ravnanja z vzorcem, kako delati z opremo ter pri kakšnih temperaturah in času inkubiranja vzorca. Vse korake testa mora analitik tudi podrobno zabeležiti.
Tudi oprema v laboratoriju mora pravilno opravljati svoje delo. Kontrola kakovosti v mikrobiologiji se lahko razširi tudi na opremo. Analitiki in inženirji pisno zabeležijo, ali oprema deluje, in jo odstranijo iz uporabe, če ne.
V industriji, kot je farmacevtska, se lahko izraz nadzor kakovosti nanaša tudi na celoten oddelek. Ljudje, ki delajo v oddelku za nadzor kakovosti (QC), preverjajo izdelke in surovine glede kontaminacije. Preverjajo tudi dele tovarne, ki sodelujejo pri izdelavi izdelka, glede morebitnih virov kontaminacije.
Če mikrobiolog odkrije kontaminacijo v vzorcu, lahko pregleda dokumentacijo o kakovosti in se prepriča, da v postopku testiranja ni šlo nič narobe ali opravljeno narobe. Če te dokumentacije ni, analitik ne more izključiti napak kot vzroka za kontaminacijo. Kontrola kakovosti v mikrobiologiji je torej metoda, s katero se zagotovi, da so rezultati veljavni in da se nanje lahko ukrepa. Vsa pravila dajejo analitikom tudi dobre postopke, ki jih morajo upoštevati, da lahko delo opravijo visoko kakovostno.
Nadzor kakovosti v mikrobiološkem laboratoriju lahko preverjajo zunanji regulativni organi. Ameriška agencija za hrano in zdravila je ena takšnih organizacij, ki preverja dokumentacijo številnih podjetij, kot so tista, ki proizvajajo farmacevtske izdelke. Vsaka država ima na splošno svoje regulativne organe za laboratorije, ki delujejo na različnih področjih.