Molekulska masa peptida je število brez enot, ki izhaja iz razmerja povprečne mase molekule peptida, deljene z eno dvanajstino mase atoma ogljika 12. Molekularno maso peptida lahko opišemo tudi kot en mol peptida v gramih, saj je mol količina peptida, ki je enaka njegovi molekulski masi. Ker je aminokislinska teža prolina, na primer, 97.12, je en mol prolina enak 97.12 gramov snovi.
Pomembno je poznati številke molekulske mase peptidov v procesih, kot je sinteza peptidov, saj lahko težo uporabimo za določanje koncentracije molekularnih komponent. Na primer, če bi imela ena komponenta molekulsko maso 50, druga pa 100, bi molekule v drugi spojini tehtale dvakrat toliko kot tiste v prvi spojini. Če bi obe združili v enakih gramih, bi imela spojina z nižjo maso dvakrat več molekul v mešanici, saj sta tehtala le polovico manj, namesto koncentracije 50/50 pa bi bila koncentracija približno 66 /33.
Programska oprema za analizator molekulske mase se pogosto uporablja za izračun številk molekulske mase peptidov, saj so izračuni sicer lahko zapleteni. Ne samo, da je treba upoštevati različne molekulske mase kemičnih elementov v zaporedjih aminokislin, ki sestavljajo peptide, ampak je treba upoštevati tudi druge dejavnike. V poštev pridejo tako hidrofobne kot hidrofilne lastnosti v zvezi z vodo, pa tudi molarni absorpcijski koeficienti za same beljakovine. Avogadrovo število, ki predstavlja, koliko molekul obstaja v molu, je treba uporabiti tudi pri določanju volumna peptida glede na molekulsko maso peptida.
Aminokisline so gradniki za peptide. Segajo od molekulske mase ostanka, ki je dejanska teža minus voda, 57.05 za najmanjšo molekulo, glicin, do 156.19 za največjo molekulo, arginin. Ko se združita dve ali več aminokislin, se za določitev nove molekulske mase pogosto uporablja kalkulator molekulske mase peptidov.
Določanje natančne molekulske mase peptidov ima pomembno uporabo v različnih raziskavah. Dokazi na primer kažejo, da so peptidi z nizko molekulsko maso pomembni regulatorji v biologiji. Hormoni, ki vsebujejo te peptide, so aktivni v delih telesa, kot so možgani, živčni sistem in prebavila.