Metoda shotgun se uporablja za sekvenciranje dolgih verig molekule deoksiribonukleinske kisline (DNK). Zanaša se na drugo metodo sekvenciranja DNK, imenovano metoda prekinitve verige. Z metodo shotgun znanstveniki sekvencirajo dele verige DNK in rezultate uporabljajo za ustvarjanje neprekinjenega zaporedja.
Zaporedje je proces iskanja atomske sestave molekule in raziskovanja kemičnih vezi, ki te atome združujejo. V DNK se sekvenciranje uporablja za iskanje vrstnega reda, v katerem se pojavljajo določene molekule. Te molekule imenujemo nukleotidi. Štiri nukleotidne baze so adenin, gvanin, citozin in timin.
Eden od načinov zaporedja dolgih pramenov DNK je uporaba metode shotgun. Pri tej metodi se DNK razbije na naključne fragmente. Dobljene segmente nato sekvenciramo z uporabo metode, imenovane metoda prekinitve verige. Prekinitev verige je metoda izbire za kratke sekvence DNK. Uporablja malo močnih kemikalij in nižje količine radioaktivnosti kot druge metode kratkega zaporedja.
Pri metodi zaključevanja verige je veriga DNK razdeljena na štiri zaporedne reakcije. Vsaka vsebuje vse štiri nukleotide in encim, ki deluje kot katalizator, imenovan DNK polimeraza. Vsaki reakciji sekvenciranja se nato doda dideoksinukleotid, ki je v bistvu nukleotid, ki mu manjka del zaporedja sladkorja. Po obdelavi teh reakcij jih znanstveniki lahko slikajo in preberejo zaporedje DNK.
Med shotgun metodo sekvenciranja DNK se vse to zgodi večkrat z uporabo različnih naključnih fragmentov DNK. To povzroči več prekrivajočih se odsekov sekvencirane DNK. Računalniški program nato uporabi prekrivajoče se odseke za ustvarjanje neprekinjenega zaporedja DNK.
Težava z metodo shotgun je v tem, da je DNK neverjetno zapletena. Pogosto vsebuje ponavljajoča se zaporedja, ki izgledajo enako, vendar tvorijo različne dele DNK. Celoten sklop človeške DNK, imenovan človeški genom, ima več kot tri milijarde baznih parov. Edini način, da se prepričate, da je postavitev ponavljajočih se zaporedij pravilna, je, da naredite več naključnih odčitkov, tako da je vsak del večkrat zaporeden. Kljub temu pride do napak.
Metoda sekvenciranja s puško je bila vrhunec sekvenciranja DNK do približno leta 2005. Od takrat so znanstveniki ustvarili zaporedje naslednje generacije, ki deluje veliko hitreje. Natančnost posameznih odčitkov je manjša kot pri zaporedju pušk, vendar znanstveniki to kompenzirajo tako, da lahko opravijo več odčitkov v krajšem času.