Medicinska mikrobiologija je veja na področju mikrobiologije, ki se osredotoča na mikroorganizme medicinskega pomena. Medicinski mikrobiologi preučujejo organizme, ki lahko povzročijo bolezni pri ljudeh, pri čemer gledajo na življenjski cikel takšnih organizmov, kako povzročajo okužbe pri ljudeh, kako se širijo, kaj naredijo človeškemu telesu in kako jih je mogoče izkoreniniti. Ljudje na tem področju lahko delajo v raziskovalnih laboratorijih, ki preučujejo mikroorganizme, ali pa delajo v diagnostičnih laboratorijih, izvajajo teste za prepoznavanje organizmov, ki povzročajo bolezni pri bolnikih, in dajejo priporočila za zdravljenje.
Bakterije, glive, protozoji in virusi lahko povzročijo bolezni pri ljudeh. Ljudje so bili kolonizirani z mikroorganizmi že od začetka časa, mikroorganizmi pa se nenehno razvijajo in spreminjajo, da bi preprečili človeške poskuse nadzora nad njimi. Področje medicinske mikrobiologije se ukvarja z odkrivanjem novih mikroorganizmov, spremljanjem sprememb v hitro mutirajočih vrstah in obravnavanjem stalnih izzivov v mikrobiologiji, ki segajo od razvoja odpornosti na antibiotike v bakterijah do kontaminacije vodnih zalog s praživali.
Tako kot drugi raziskovalci v mikrobiologiji so tudi medicinski mikrobiologi zainteresirani za identifikacijo in kategorizacijo organizmov, ki jih vidijo. Te informacije lahko pomagajo ljudem videti, s čim se ukvarjajo, in lahko pomagajo pri razvoju zdravljenja. Razumevanje razmerja med organizmi je lahko pomembno tudi, ko raziskovalci raziskujejo načine prenosa. Proces identifikacije lahko vključuje tudi poizvedbe o izvoru in zgodovini organizma; učenje, kje se je razvil virus gripe, na primer, je lahko pomembno za razumevanje, kako je prišlo do epidemije.
Področje medicinske mikrobiologije se poleg tega, da zanimajo sami mikroorganizmi, ukvarja tudi z imunologijo, ki se ukvarja s človekovo obrambo pred takšnimi organizmi in kako jo je mogoče izboljšati ali okrepiti. Raziskovalci preučujejo tudi patologijo, potek bolezni v telesu, in epidemiologijo, znanost, ki se ukvarja s tem, kako in zakaj se bolezni širijo. Medicinski mikrobiologi imajo veščine, ki jih je mogoče uporabiti pri nastajajočih izbruhih bolezni, stalnih težavah z mikroorganizmi in številnih drugih zdravstvenih izzivih.
Medtem ko so na medicinski fakulteti, mnogi zdravniki nekaj časa preučujejo medicinsko mikrobiologijo, nekateri zdravniki pa preučujejo to temo več kot drugi. Razumevanje delovanja mikroorganizmov je pomembno za zdravnike, saj je to znanje mogoče uporabiti za diagnosticiranje in zdravljenje okužb. Nekateri zdravniki se lahko še naprej osredotočajo na raziskovalni konec medicinske mikrobiologije, delajo na razvoju novih metod boja proti mikroorganizmom in izvajajo klinične študije za zbiranje informacij o novih zdravilih, učinkovitosti predlaganih protokolov zdravljenja in drugih vprašanjih.