Označevalec molekulske mase je molekula, ki se uporablja za oceno velikosti molekul, podvrženih gel elektroforezi. To je tehnika, pri kateri se DNK, RNA ali proteini ločijo po velikosti z uporabo električnega toka na gelu. Tega izraza ne smemo zamenjevati z molekularnimi markerji v genetiki – območji, na katerih se DNK organizma razlikuje od ostale populacije in jo je mogoče identificirati s sondo DNK.
Označevalci molekulske mase beljakovin se običajno uporabljajo, ko se beljakovine ločijo z gelsko elektroforezo. Označevalec molekulske mase je skupina beljakovin z znano molekulsko maso, ki jih običajno zagotavljajo biotehnološka podjetja v določenem obsegu velikosti. Eden izbere obseg velikosti na podlagi vzorcev, ki se preučujejo. Označevalci molekulske mase se naložijo skupaj in med tekom ločijo. Z merjenjem razdalje, ki jo prepotujejo označevalci in beljakovina, ki nas zanima, lahko določimo velikost eksperimentalne beljakovine.
Različne vrste markerjev je mogoče vizualizirati na različne načine. Nekateri molekularni markerji so neoznačeni in so v gelu obarvani s preostalimi beljakovinami. Niso vidni, dokler ni obarvan celoten gel. Druge vrste beljakovinskih molekularnih markerjev so predhodno obarvane z barvami in vsaka vrsta beljakovin je drugačne barve. Ločitev je vidna, ko gel teče.
Ena od prednosti vnaprej obarvanega markerja molekulske mase je Western blots. To je tehnika, pri kateri se proteini prenesejo na membrano in nato obarvajo s protitelesi za odkrivanje določene beljakovine. Obarvani markerji pomagajo ugotoviti, ali je prenos beljakovin končan, preden nadaljujete s preostalim postopkom.
Označevalci molekulske mase se običajno uporabljajo za analizo DNK na gelih. Pogosto so molekularni markerji DNK izdelani iz bakterijskega virusa lambda. Restrikcione encime proizvajajo bakterije za prebavo DNK napadalnih organizmov, restrikcijski encim HindIII pa se pogosto uporablja za razgradnjo lambda DNK. Proizvaja serijo različno velikih, ponovljivih fragmentov, znanih kot DNK lestev. S primerjavo razdalje, ki jo pretečejo standardi na logaritmični lestvici, lahko določimo velikost analiziranih fragmentov DNK.
Ta označevalec molekulske mase DNK se lahko uporablja za analizo velikosti DNK, proizvedene med izolacijo genov, in v eksperimentih genskega inženiringa. Uporablja se lahko tudi med polimerazno verižno reakcijo (PCR), pri kateri se majhne količine DNK ali RNA pomnožijo, da proizvedejo velike količine produkta. Tehnike PCR so običajno povezane s testiranjem očetovstva in forenzično znanostjo, zelo pogoste pa so tudi v medicinskih in osnovnih bioloških raziskavah. Posebni označevalci molekulske mase so na voljo za manjše izdelke, ustvarjene iz nekaterih vrst PCR ali majhnih molekul RNA.