Klorheksidin je kemikalija z antiseptičnimi lastnostmi in je običajno dovolj nežna, da jo zdravniki in zobozdravniki uporabljajo neposredno na koži bolnikov. Ta kemikalija je lahko sestavina v številnih različnih vrstah izdelkov, kot je klorheksidinski gel. Poleg tega so lahko za zdravljenje s klorheksidinskim gelom primerna različna stanja, od oralnih okužb do vaginalnih okužb.
Tako bakterije kot glive so ranljive za klorheksidinski gel. Snov ni antibiotik ali zdravilo, temveč antiseptik. Klorheksidin lahko ubije mikrobe, s katerimi pride v stik, vendar ni varen za nič drugega kot za uporabo na epitelijskih delih telesa. Primerne lokacije, ki niso nujno koža, vendar so dovolj močne, da ostanejo nepoškodovane s klorheksidinom, vključujejo notranjost ust in zunanje predele genitalij.
Zobna higiena je eno področje, na katerem se lahko uporablja klorheksidinski gel. Predvsem je namenjen ljudem, ki imajo glivične okužbe v ustih ali imajo težave, kot so razjede v ustih. Gel se lahko uporablja na enak način kot zobna pasta. Klorheksidin pa se ne meša dobro z navadno zobno pasto, zato jih morajo uporabniki hraniti ločeno.
Primeri okužb, pri katerih lahko peroralni gel pomaga pri lajšanju, vključujejo glivično okužbo in bakterije, ki lahko povzročijo zobno gnilobo ali vnetje dlesni. Kemikalija ima lahko začasne učinke na usta, razen ubijanja mikrobnih populacij. Ti možni neželeni učinki vključujejo prehodno obarvanje zob, razdraženo kožo v ustih in uporabnik lahko občuti pekoč občutek na jeziku.
Druga oblika gela je zasnovana za uporabo na genitalijah žensk, pri katerih se razvijejo vaginalne okužbe. Te vrste okužb so pogoste pri mnogih ženskah, nekatere zaradi bakterijske okužbe, druge pa zaradi glivične okužbe. Zaradi sposobnosti klorheksidina, da cilja na obe vrsti stanja, je gel lahko koristen v teh primerih. Potencialna korist v primerjavi s to vrsto zdravljenja v primerjavi z zdravljenjem z antibiotiki ali protiglivičnimi zdravili je, da lahko zdravilo manj moti običajno normalno populacijo mikrobov.
Ker je klorheksidin v prvi vrsti antiseptik, ima dodatno uporabo kot čistilo za kožo. Ta vrsta gelnega izdelka je na primer uporabna za razkuževanje kože pred injekcijami. Nekateri izdelki vsebujejo tudi sredstvo za omrtvičenje kože; na primer anestetik lidokain.