Razvrstitev bakterij je postopek ločevanja vrst bakterij med seboj in njihovo združevanje glede na skupne značilnosti. Takšna klasifikacija se izvaja v okviru mednarodno sprejetega sistema biološke taksonomije oziroma znanosti o razvrščanju organizmov. Pri razvrščanju bakterij se upoštevajo številne stvari, zlasti zaporedja RNA, med drugim pa tudi oblika, biokemija in značilnosti zunanje membrane.
Čeprav obstajajo različni pogledi na način razvrščanja organizmov, trenutni prevladujoči sistem vse življenje deli na tri domene. Bakterije tvorijo eno od teh domen. Kažejo izjemno stopnjo raznolikosti in po številu predstavljajo veliko večino znanih vrst in po masi presegajo vse večcelične organizme na zemlji. Razvrstitev bakterij je lahko težavna zaradi številnih dejavnikov, zlasti zaradi odsotnosti kompleksnih struktur, ki jih najdemo v naprednejših organizmih, pa tudi zaradi nagnjenosti bakterij k prenosu segmentov DNK.
Bakteriologi uporabljajo številne tehnike pri klasifikaciji bakterij. Oblika je najpreprostejši način za ločevanje bakterij, ti organizmi pa lahko kažejo različne oblike, med drugim palice, spirale in krogle. Vendar oblika ni nujno izključna značilnost in bakterije, ki so združene v zelo različne klasifikacije, imajo lahko podobne oblike.
Druge morfološke značilnosti, kot je velikost, se lahko bistveno razlikujejo od vrste do vrste, tipične skupine pa so lahko tudi v pomoč pri razvrščanju. Številne vrste se nagibajo k oblikovanju skupin posameznih celic, ki se lahko zelo razlikujejo po številu. Prisotnost zunanjih struktur, kot so drobne konstrukcije, podobne lovkam, imenovane flagele, lahko prav tako pomaga razlikovati vrste bakterij.
Drugo ključno orodje pri klasifikaciji bakterij je test, znan kot test obarvanja po gramu, poimenovan po mikrobiologu iz 19. stoletja. Ta test kvantificira bakterije glede na debelino njihove zunanje membrane. Gram negativne bakterije imajo zelo tanko membrano, gram pozitivne bakterije pa debelejšo membrano.
Dejavniki, kot so presnova in druge biokemične razlike, so drugo orodje za razvrščanje bakterij. Bakterije presnavljajo široko paleto različnih spojin in določena spojina ali spojine, ki jih uporablja ali pretvori določena bakterija, lahko pomagajo pri njeni identifikaciji in razvrstitvi. Pri tem procesu lahko pomaga tudi analiza drugih biokemičnih podatkov.
Napredek v tehnikah molekularne analize je omogočil bakteriologom, da ločijo bakterije glede na razlike v RNA, pa tudi na specifične zaporedje genov. Nadaljnja analiza celotne količine posameznih proteinov RNA in DNK ter razmerij, v katerih so prisotni, zagotavljajo še en način za klasifikacijo. Z uporabo nekaterih ali vseh teh tehnik in opaznih značilnosti lahko bakteriologi razvrstijo bakterije glede na vrsto in združijo podobne vrste.