Japonski vodni vrt velja za veliko umetniško delo, ki ga je treba oblikovati in negovati z meditativno prefinjenostjo. Japonski vrtovi so bili razviti in preneseni od mojstra ali senseija do vajenca. Starodavna, kultivirana japonska pokrajina je odražala japonsko kulturo in filozofijo: harmonijo z naravo, mir, resno kontemplacijo in disciplino. Japonski vodni vrt je manjša, ganljiva značilnost, vključena v večji tipični japonski vrt in vključuje vodo; okraski, kot so most, odskočne kamne ali luč; paviljon ali pagoda; in avtohtone rastline.
Starodavna japonska tajna knjiga vrtov ali Sakutei-ki, ki je bila napisana v 11. stoletju, je najstarejša znana knjiga o vrtnarski umetnosti na svetu. V njem avtor postavlja stroga pravila in ustrezne nadomestke za zelo simboličen japonski vrt. Knjiga na primer narekuje vrsto, velikost in kamne za simulacijo ali ustvarjanje slapov, in piše, da lahko “devet vrb nadomesti reko”, kjer ni vode. Ko so japonski vrtovi postali popularizirani v zahodnih kulturah v poznem 19. stoletju, so bila pravila še bolj ukrivljena, da bi se prilagodila različnim podnebjem in zahodnim okusom vrtnarjenja na dvorišču.
Voda, bodisi resnična ali simbolična, je očitno ključna sestavina in končna osrednja točka japonskega vodnega vrta. Japonski vodni vrtovi se poskušajo prilagoditi naravnemu toku obstoječe oskrbe z vodo ali zagotoviti naravni pretok, če je potrebna simulirana voda. Ribniki in potoki tečejo nežno, ne v geometrijskih linijah. Naravni slapovi ali nežni potoki imajo prednost pred umetnimi fontanami. Kjer vode ni na voljo, lahko nežno ukrivljene poti peska ali zaobljenih kamenčkov nakazujejo na njeno prisotnost.
V nadaljevanju teme harmonije z naravo je flora japonskega vodnega vrta izvirna iz podnebja in primerna za vodno okolje. V japonskih vodnih vrtovih je cvetje redko gojeno. Služijo zgolj kot kompliment bujnemu zelenju in brbotajoči vodi.
Naravni okraski krasijo vrt, a nikoli ne preplavijo vrta. Osrednja točka japonskega vodnega vrta je voda, okraski, kot so odskočne kamne, most in luč, pa služijo za povečanje pomena vode. Pagoda ali paviljon vabi obiskovalca, da se zadržuje v tihem razmišljanju, morda med formalno čajno slovesnostjo. Vsi elementi japonskega vodnega vrta usmerjajo vrtnarja in obiskovalca k uživanju v spokojnosti narave.