Imunomodulatorna terapija je sestavljena iz serije treh vrst zdravljenja bolezni, ki pestijo človeški imunski sistem, pogosteje pa jo imenujemo le imunoterapija. Tri vrste strategij imunomodulatorne terapije vključujejo uporabo imunosupresivnih zdravil za zmanjšanje naravnega delovanja imunskega sistema ali uporabo imunostimulacijskih zdravil za povečanje njegovega odziva ter uporabo tolerogenov, ki pogojujejo imunski sistem, da prenaša tkivo, kot je to presajenih organov. Vsak razred zdravljenja je namenjen specifičnim težavam imunskega sistema. Imunosupresivna zdravila in tolerogeni se skupaj uporabljajo za zdravljenje avtoimunskih bolezni, kot je multipla skleroza (MS) in presaditve organov, kjer telo napada lastno tkivo. Imunostimulantna zdravila se dajejo za krepitev imunskega sistema v primerih, ko je oslabljen, na primer pri raku, aidsu in drugih smrtno nevarnih okužbah.
V primerih, ko se imunomodulatorna terapija uporablja v imunosupresivni vlogi, lahko sama terapija deluje nekoliko v temi. Pri multipli sklerozi je še vedno malo razumljenega o patogenezi oziroma začetku in razvoju bolezni skozi čas. Tudi sama vloga imunomodulatorne terapije pri lajšanju nekaterih bolnikov s takšnim stanjem je slabo razumljena, vendar je bilo zdravljenje od leta 2004 edina obstoječa metoda za pomoč bolnikom z MS. Zaradi koristi, ki jih ponuja kronično bolni bolniki, imunomodulatorno zdravljenje, sestavljeno iz štirih imunomodulatornih zdravil in enega imunosupresivnega zdravila, se bolnikom daje bolnikom v ZDA od leta 1993. Zdravljenje odobri ameriška agencija za hrano in zdravila (FDA), čeprav je popolno razumevanje njihovega delovanja nejasno. .
Pri zdravljenju z imunostimulanti in imunosupresivi je predpostavka, da bodo široki učinki na imunski sistem na splošno imeli koristne rezultate pri zdravljenju ne glede na prisotno stanje. Ideja je, da taka zdravila za imunomodulatorno zdravljenje nespecifično spodbujajo delovanje človeškega imunskega sistema, čeprav zdravniki in raziskovalci niso mogli izslediti neposrednih vzročno-posledičnih rezultatov zdravljenja od leta 2011. Podpora za nadaljevanje takšnega zdravljenja je bila do danes v celoti temelji na empiričnih dokazih ali dokazih izkušenj in opazovanj na tem področju s strani zdravstvenih delavcev brez temeljitih znanstvenih podatkov in teorij, ki bi podprle svoje domneve.
Zaradi tega empiričnega pristopa z imunomodulatorno terapijo je bilo na medicinskem področju nekaj polemik o tem, ali so takšni pristopi resnično upravičeni. To še posebej velja pri zdravljenju okužb z živalmi spremljevalci, kot so ponavljajoče se kožne bolezni, kjer so predpisana imunostimulativna zdravila. Takšna stanja imajo lahko osnovne vzroke, ki ne temeljijo na okvarjenem imunskem sistemu. Če se zdravljenje prekine, se lahko stanje vrne, zato bo treba cikel znova nadaljevati, saj ga sploh ni povzročila imunska pomanjkljivost.