Hirudin je spojina, ki jo proizvajajo medicinske pijavke, ki moti sposobnost telesa, da tvori krvne strdke. Pijavke se v medicini uporabljajo že stoletja. Trenutno se uporabljajo za različna stanja, ki imajo koristi od odstranjevanja krvnih strdkov. Takšna antikoagulacija vključuje zaviranje proteina trombina, ki katalizira nastanek krvnih strdkov. Uporaba živih pijavk tvega vnos bakterij v rano, hirudin pa se običajno uporablja sam za preprečevanje strjevanja krvi.
Zdravilne pijavke, Hirudo medicinalis, v svojih žlezah slinavke proizvajajo številne spojine, ki pomagajo pri procesu puščanja krvi svojih gostiteljev, znanem kot hirudoterapija. Proizvajajo anestetike, zato bo gostitelj manj verjetno opazil, ko se pijavka pritrdi nanje. V mešanici so tudi spojine, ki preprečujejo strjevanje krvi, zato bo bolj svobodno stekla v pijavko. Kri ostane nestrjena tudi po tem, ko se pijavka odlepi. Uporaba živih pijavk za antikoagulacijo ima nekaj pomanjkljivosti, saj lahko vnesejo bakterije v rano.
Spojina v slini, ki je najbolj specifična za antikoagulacijo, je peptid hirudin. To je veriga 65 aminokislin, ki so jo prvič odkrili leta 1884. Šele leta 1976 je bila določena struktura. Pijavke imajo v slini le majhno količino te spojine, med seboj pa je mešanih več različnih oblik hirudina. Večina čiste spojine, ki se uporablja v medicini, je pridobljena iz gensko spremenjenega peptida.
Strjevanje krvi vključuje pretvorbo topne beljakovine, imenovane fibrinogen, v netopni mrežasti fibrin. To reakcijo katalizira encim, imenovan trombin, ki je proteaza in lahko cepi druge beljakovine. Ko je trombin inaktiviran, se fibrin ne tvori in kri se ne strdi več.
Obstajajo različne vrste trombina. Hirudin inaktivira le tisto vrsto trombina, ki je najbolj specifična za fibrinogen, zato je najmočnejša spojina, ki zavira trombin. Je celo bolj specifičen kot lastni zaviralec trombina v telesu, antitrombin III.
Pogoji, ki imajo koristi od antikoagulacijskega zdravljenja, vključujejo krčne žile in genetske motnje, pri katerih se kri preveč strdi. Hirudin lahko deluje na trombin, ki je tvoril mrežo in postal strdek. Pogoj, ko so takšni strdki v krvnih žilah, je znano kot tromboza. Ta peptid lahko deluje celo na kompleksen trombin in ta sposobnost mu daje prednost pred zdravilom heparinom, ki se uporablja tudi kot antikoagulant.