Hipotekarni primanjkljaj se pojavi, ko se stanovanje proda ali odvzame za manj kot znesek, ki je dolgovan v hipoteki. Če na primer nepremičnina znatno pade v vrednosti od trenutka, ko je bila kupljena, jo bo lastnik stanovanja morda prisiljen prodati za veliko manj, kot je hipoteka. Razlika med prejetim za prodajo doma in tistim, kar je še dolgovano, je hipotekarni primanjkljaj. Posamezniki, ki sklenejo odškodninsko zavarovanje za svojo hipoteko, ko jo prvič dobijo, bodo lahko ta primanjkljaj prejeli od zavarovalnice za poplačilo banki; vendar se v večini primerov zavarovalnica obrne in spet pride za lastnikom stanovanj za ta sredstva.
Banki, ki ima hipoteko, res ni pomembno, ali je hiša odvzeta ali lastnik stanovanja samostojno prodaja dom; preprosto želijo izterjati tisto, kar je dolgovano na hipoteki. Če lastnik stanovanja ne plača, bo banka običajno motivirana, da sproži pravni postopek proti posojilojemalcu, dokler ne izterja sredstev. V nekaterih primerih se lahko stroški prodaje stanovanja, kot so cenitveni stroški, stroški nepremičnin in stroški zapiranja, celo prištejejo k hipotekarnemu primanjkljaju, kar še poveča dolg.
Kot je navedeno zgoraj, se lahko zavarovanje škode uporabi za plačilo razlike posojilodajalcu pri hipotekarnem primanjkljaju. Zavarovalnica bo nato zahtevala ta sredstva, tako da jih bo skoraj vedno treba plačati. Nekateri ljudje so prisiljeni razglasiti stečaj, če ne morejo plačati razlike v hipotekarnem primanjkljaju. Drugi poskušajo na druge načine, na primer s poskusom poravnave z banko za končno plačilo, tudi če ne gre za celoten dolgovani znesek. Strokovnjaki priporočajo, da mora biti tovrstna pogodba vedno v pisni obliki, da banka ne more več zahtevati plačila po poravnavi.
Če je lastnik stanovanja prisiljen prodati stanovanje s hipotekarnim primanjkljajem, bo to ostalo v njegovem kreditnem poročilu. To lahko oteži nakup stanovanja v prihodnosti ali pridobitev katere koli druge vrste posojila, od osebnega posojila do posojila za avtomobile. Lastnikom stanovanj na splošno svetujemo, naj naredijo vse, kar je mogoče, da bi se izognili hipotekarnemu primanjkljaju, in če stanovanja ni mogoče prodati za vrednost hipoteke, naj sprejmejo ukrepe za čimprejšnjo odpravo dolga, da bi zmanjšali negativne vplive na kredit.