Hipokampus, imenovan tako, ker njegova oblika bežno spominja na morskega konjička, je odgovoren za kodiranje dolgoročnih spominov in pomoč pri prostorski navigaciji. To je eden od filogenetsko najstarejših delov možganov in prvi del, ki je bil izbran za umetno razmnoževanje kot možgansko protezo. Znano je, da je hipokampus povezan s konsolidacijo epizodnih spominov, ki so spomini na osebno doživete dogodke in z njimi povezana čustva. V nasprotju s semantičnimi spomini na abstraktna dejstva in njihove asociacije lahko epizodne spomine predstavimo kot zgodbe. Poškodba hipokampusa povzroči nezmožnost oblikovanja novih dolgoročnih epizodnih spominov, čeprav se je novih postopkovnih spominov, kot so motorične sekvence za vsakodnevne naloge, še vedno mogoče naučiti.
Pri shizofreniji in nekaterih vrstah hude depresije se hipokampus skrči. Hipokampus je znan tudi kot eden najbolj strukturiranih in raziskanih delov možganov, zato je bil izbran za protetično emulacijo. Čeprav natančni nevronski algoritmi niso znani, so bili modelirani v celoti. Ker je hipokampus tako star, ga je evolucija močno optimizirala in je v bistvu enak pri vseh vrstah sesalcev. Zato je bilo mogoče oblikovati hipokampalno protezo z izčrpno študijo hipokampusa podgan, suspendiranih v cerebrospinalni tekočini.
Za navigacijo hipokampus vsebuje “mestne celice”, ki se aktivirajo glede na zaznano lokacijo živali. Lahko trdimo, da te celice obstajajo v hipokampusu, ker je treba uporabiti spomine za določitev trenutne lokacije iz bolj temeljnih spremenljivk, kot sta orientacija in hitrost. Aktivacijo teh mestnih celic so opazili pri ljudeh, ki krmarijo po mestih navidezne resničnosti. Za številne naloge prostorske navigacije je potreben nedotaknjen hipokampus. Hipokampus je bil prvotno napačno povezan z vonjem, ki ga dejansko obdeluje vohalna skorja.