Gozdna ekologija je znanost o tem, kako se organizmi med seboj odzivajo in medsebojno delujejo z okoljem gozdnega ekosistema. To posebno področje študija je zelo pomembno za tiste, ki jih skrbi ohranjanje gozdov. Brez dobrih podatkov o gozdu, kaj ga naredi zdravega ali nezdravega, ni mogoče oblikovati trajnostnega načrta. Ekolog na tem področju lahko dela za univerzo, parkovno službo ali celo zasebno korporacijo.
Tisti, ki se ukvarjajo z gozdno ekologijo, upajo, da bodo našli zaključke o številnih vprašanjih. Študije lahko vključujejo pomen tako starih kot novorastlih gozdov, stopnjo ogroženosti invazivnih živalskih in rastlinskih vrst ter vpliv človekove dejavnosti na lokalno okolje. V nekaterih primerih bo morda moral ekolog, odvisno od velikosti gozda, upoštevati podatke, ki zajemajo več območij ali biomov. Čeprav se ta različna področja morda zdijo nepovezana, lahko vsa kažejo na splošno zdravje gozda.
Gozdna ekologija zahteva veliko časa za beleženje različnih vrst, ki jih najdemo v sistemu. Pogosto se te podatkovne točke primerjajo s podatki, zbranimi v prejšnjih letih. Ta primerjava bi morala dati dobro predstavo o tem, kakšni so dolgoročni trendi na tem območju. Zmanjšanje vrste ali povečanje števila vrst je lahko razlog za posebno skrb.
Čeprav nekateri morda verjamejo, da je diverzifikacija vrst dobra stvar, vsi, ki se ukvarjajo z gozdno ekologijo, ve, da mora biti to prava vrsta diverzifikacije. Invazivne vrste rastlin in živali lahko uničijo avtohtone populacije in tako v nekaj desetletjih popolnoma spremenijo skoraj vse vrste, ki jih najdemo v gozdnem ekosistemu. Medtem ko nekateri menijo, da je to naraven potek narave, drugi krivijo ljudi za vnos nekaterih vrst. To lahko privede do zelo nenaravnega rezultata.
Ko so vrste katalogizirane in proučeni trendi, je naslednji korak ugotoviti, ali so spremembe del naravnega zorenja v gozdni ekologiji ali posledica nenaravnih procesov. To je deloma določeno s pogledom na število tujerodnih vrst in razumevanjem sprememb, ki se v gozdovih dogajajo skozi čas. Ko bodo krošnje postale gostejše, se bo na primer število praproti in druge vegetacije, ki pokriva tla, zmanjšalo zaradi pomanjkanja svetlobe. To je za pričakovati.
Če se spremembe štejejo za netrajnostne ali nenaravne, se lahko od ekologa zahteva, da pripravi načrt za obnovitev zdravja gozdov. V nekaterih primerih morda ni rešitve, saj so vpleteni procesi in vrste morda postali preveč zakoreninjeni, da bi se lahko spremenili. V drugih primerih lahko obstajajo tehnike, ki lahko obnovijo bolj naravno ekologijo gozdov.