V teoriji transformacijske slovnice se stavki lahko predstavijo na dva načina: globoko in površinsko strukturo. Globoka struktura se nanaša na osnovni pomen stavka, kot je predstavljen in razumljen v možganih. Služi kot kontrapunkt površinski strukturi, ki je dejanska pisna ali govorna oblika stavka. Ta koncept je ustvaril Noam Chomsky v svoji knjigi iz leta 1957 Sintaktične strukture, ki je oblikovala teorijo transformacijske slovnice. V skladu s to teorijo ljudje uporabljajo transformacije, vrsto kognitivnega procesa, za preslikavo strukturnih razmerij med referencami stavkov, ki jih razumemo v jezikovnih predelih možganov, in dejansko vsebino stavka, ki ga vidimo ali slišimo.
Koncept globoke strukture trdi, da so informacije, povezane z vsako komponento stavka, kot so njegovi subjekti in predikati, kodificirane v abstraktne kose znotraj možganov. Stavki, ki se razlikujejo glede na svojo površinsko strukturo, na primer »Fant je brcnil žogo« in »Fant je brcnil žogo«, imajo lahko enako globinsko strukturo. Razlog za to je, da so sestavni deli vsakega stavka v možganih povezani na enak način, tako da lahko ljudje stavke razumejo kot pomensko enakovredne, čeprav so skladenjsko različni. Z dvoumnimi stavki, kot je “Videl sem, da vozi človeka”, z eno samo površinsko strukturo, je mogoče ustvariti več strukturnih interpretacij s prerazporeditvijo sestavnih delov, na primer “Videl sem človeka, ki vozi” ali “Videl sem človeka ki običajno vozi.”
Globoka struktura, kot jo je opisal Chomsky, je bila podvržena določenim pravilom, ki so prirojena v človeških možganih. Sem spadajo transformacijska pravila za izpeljavo pomena površinske strukture stavka, kot je dodajanje implicitnega predmeta stavku: ukaz »Samo vozi!« postane navodilo za »Vozi avto«, na primer s pravilom seštevanja. Z drugimi transformacijami se globinska struktura misli pretvori v slovnično pravilne stavke, ki jih lahko razume poslušalec ali bralec. Ta pravila, kot tudi sposobnost ohranjanja abstraktnih idej v možganih, so po teoriji prirojeni, zato ljudi ni treba učiti kodiranja jezika v smislu globoke strukture; to je proces, ki se zgodi samodejno. Čeprav koncept struktur ostaja pomemben v jezikoslovju, večina jezikoslovcev ne verjame več, da je globoka struktura edini način, kako ljudje črpajo pomen iz jezika.