Glavni kompleks histokompatibilnosti (MHC) je področje genoma, ki kodira vrsto beljakovin, izraženih na celicah v telesu. Te beljakovine služijo kot zastavice za imunski sistem, ki imunskemu sistemu omogočajo razlikovanje med “lastičnimi” beljakovinami, ki pripadajo telesu, in “ne-sebnimi” beljakovinami, ki so tuje. T celice imunskega sistema se povezujejo z beljakovinami, ki jih proizvaja glavni kompleks histokompatibilnosti, s temi informacijami pa ugotavljajo, ali material, ki ga najdemo v telesu, pripada tja ali ne.
Te beljakovine so v obliki antigenov. Pri ljudeh so znani kot humani levkocitni antigeni (HLA). Ti antigeni, ki so fiksirani na zunanji strani celice, se lahko, podobno kot poverilnice, predstavijo imunskemu sistemu. Če imunski sistem prepozna antigen kot škodljiv, lahko sprejme ukrepe za uničenje celice, na katero je vezan. To je zasnovano tako, da imunskemu sistemu omogoči uničenje bakterij in drugih organizmov, ki pridejo v telo, in omogoči imunskemu sistemu, da prepozna celice, ki so bile okužene z virusi, da se lahko ustavi širjenje virusa.
MHC je izjemno raznolik. Nekateri vpleteni geni imajo na stotine alelov, kar je precej nenavadno; malo genov ima toliko različnih načinov, na katere se lahko izrazijo. Raznolikost glavnega kompleksa histokompatibilnosti je tako blagoslov kot prekletstvo. Genska raznolikost krepi človeško raso, zlasti ko gre za imunsko obrambo, otežuje pa tudi presaditev tkiva med ljudmi.
Ko se kri, tkivo ali drug darovani biološki material presadi iz ene osebe v drugo, se antigeni HLA morda ne ujemajo. Posledično bo imunski sistem prejemnika ocenil, da je darovalec tujec, in ga bo napadel. To povzroči zavrnitev presadka pri stvareh, kot so koža in organi, pri krvi pa lahko povzroči hude reakcije. V nekaterih primerih je lahko velik konflikt kompleksa histokompatibilnosti smrtonosen.
Obstaja več različnih testov, ki jih je mogoče uporabiti za identifikacijo ključnih področij nečijega glavnega kompleksa histokompatibilnosti. Ti testi se izvajajo, ko se ljudje ocenjujejo za darovanje organov, tako da je mogoče najti ujemanje, ki bo čim bolj ustrezalo. Čeprav nekateri ljudje morda domnevajo, da je krvna skupina edina stvar, za katero se testira, v resnici obstaja vrsta antigenov, ki so lahko v nasprotju, in testiranje mora biti temeljito, da se izognemo zapravljanju darovalnega materiala za nekoga, ki ga ne more prejeti.