Glavna endokrina žleza je še en način sklicevanja na drobno hipofizo na dnu lobanje, kjer se sreča s hrbtenico. Od osmih telesnih vrst žlez, ki proizvajajo hormone, ta žleza z notranjim izločanjem prejema naročila neposredno iz osrednjega hipotalamusa možganov. Ko hipofiza prejme te hormonske izločke iz hipotalamusa, sama sprošča poljubno število hormonov za nadzor drugih žlez in njihovih razpršenih izločkov po telesu.
Prva beseda v glavni endokrini žlezi je lahko velika zavajajoča. Pravzaprav je hipotalamus tista, ki je glavna endorfinska žleza, saj izloča tudi hormonske signale, ki vodijo skozi tako imenovano hipofizno portalno arterijo do hipofize, ki proizvaja tisto, kar je kemično rečeno za druge žleze. Poleg tega hipotalamus izloča še eno hormonsko spojino – somatostatin, ki povzroči, da hipofiza ustavi proizvodnjo človeškega rastnega hormona.
Glavna endokrina žleza, ki je neposredno povezana s hipotalamusom, je sestavljena iz treh različnih tovarn, imenovanih reženj, ki proizvajajo različne hormone. Zadnji reženj proizvaja oksitocin za spodbujanje poroda in antidiuretični hormon za povečanje vode v krvnem obtoku. Vmesni reženj hipofize proizvaja hormon za uravnavanje tonusa kože in pigmenta. Večina dela pade na sprednji reženj: prolaktin za začetek laktacije, rastni hormon in druge spojine za stimulacijo epifize, andrenalne, ščitnice, obščitnice in reproduktivnih žlez.
Na splošno se signalni hormoni pošiljajo iz glavne endokrine žleze, da sprožijo različne aktivnosti, potrebne za življenje. Hormoni, poslani v jajčnike ali moda, na primer, sprožijo proizvodnjo estrogena, progesterona in drugih izločkov za razvoj in razmnoževanje žensk ter testosterona in drugih androgenov, ki so odgovorni za reprodukcijo moških. Na podoben način za nadzor ščitnice v vratu glavna endokrina žleza prejme hormon, ki sprošča tirotropin iz hipotalamusa, nato proizvede in pošlje hormonsko sporočilo ščitnici. Ta žleza se nato sproži, da tvori ščitnične hormone, ki so odgovorni za več ključnih telesnih funkcij, od uravnavanja krvi in srca do vzdrževanja mišic in prebave hrane.
Čeprav tehnično ni žleza, ima trebušna slinavka za želodcem nekaj pomembnih žleznih funkcij. Eden od dveh delov tega organa tvori hormone. Endokrina trebušna slinavka proizvaja hormone, kot je inzulin, ki vzdržuje ustrezno raven sladkorja v krvi v telesu. Drugi del, imenovan eksokrina trebušna slinavka, naredi encime ključnega pomena za zdravo prebavo.