Interakcija genov je interakcija med več geni, ki vpliva na izražanje fenotipa organizma. Medtem ko je izražanje fizičnih lastnosti pogosto opisano kot posledica dedovanja dveh genov, po enega na vsakem alelu od vsakega starša, je pravzaprav veliko bolj zapleteno. Skupine genov medsebojno delujejo, kar pojasnjuje, zakaj so fenotipi tako različni med posameznimi člani vrste. Razumevanje interakcij genov je pomemben vidik razumevanja dedovanja, zlasti dedovanja škodljivih lastnosti.
Interakcije genov lahko povzročijo spremembo ali supresijo fenotipa. To se lahko zgodi, ko organizem podeduje dva različna dominantna gena, na primer, kar povzroči nepopolno prevlado. To je običajno opaziti pri rožah, kjer lahko vzreja dveh cvetov, ki prenašata prevladujoče gene, povzroči cvet nenavadne barve, ki je posledica nepopolne prevlade. Če sta na primer rdeča in bela prevladujoča, so lahko potomci rožnate ali črtaste barve kot posledica interakcije genov.
Včasih so genetske lastnosti popolnoma potlačene. Ljudje z albinizmom lahko nosijo gene za lastnosti, ki niso izražene v njihovih fenotipih, ker albinizem deluje tako, da te gene izklopi. To je vidno tudi pri obarvanih vzorcih pri živalih, kot so želvovite mačke, kjer je nenavadna barva dlake posledica selektivnih interakcij genov, pri čemer so geni na nekaterih lokacijah izklopljeni in na drugih vklopljeni.
Sadna muha je znano, da je v genetiki obsežno raziskana in velik del razumevanja delovanja genskih interakcij izhaja iz dela s sadno muho v laboratorijskih okoljih. V organizmih, kot so ljudje, kjer se genetski eksperimenti obravnavajo kot neetični, so se genetiki prisiljeni zanašati na podatke obstoječe populacije, da bi izvedeli o prevladujočih in recesivnih lastnostih ter videli, kako lahko skupine genetskih lastnosti medsebojno delujejo. Interakcija genov je rezultat dedovanja genov, ki so na nek način v nasprotju, zaradi česar je nemogoče, da bi se vsi izrazili kot kodirani, ali podedovanja niza medsebojno povezanih genov, ki medsebojno delujejo, da izrazijo fenotip.
Včasih interakcija genov omejuje proizvodnjo določenih beljakovin, pogosto precej zgodaj v razvoju ploda. V drugih primerih lahko moti kodiranje beljakovin, kar povzroči popačen izraz fizične lastnosti. Hibridi pogosto kažejo različne zanimive rezultate interakcij genov. V nekaterih primerih so interakcije koristne in se lahko razvijejo v lastne genetske lastnosti, v drugih pa lahko interakcija genov povzroči pomanjkljivost in te lastnosti bodo sčasoma izumrle.