Genitalna rekonstruktivna kirurgija se običajno nanaša na operacijo za odpravo prirojenih napak ali malformacij na področju genitalij, ki jih povzroča travma ali bolezen. To vrsto operacije bi lahko imenovali tudi interspolna kirurgija, namenjena odpravljanju napak pri dojenčkih, rojenih z dvoumnimi zunanjimi spolnimi organi. Operacija spremembe spola je še ena oblika genitalne rekonstruktivne kirurgije, ki jo izberejo transspolne ali transseksualne osebe. Genitalno rekonstruktivno operacijo lahko poiščemo iz kozmetičnih razlogov, medtem ko druge operacije lahko omogočijo normalno spolno delovanje.
Interspolna rekonstruktivna kirurgija genitalij se lahko izvaja pri dojenčkih, otrocih ali odraslih, rojenih s prirojenimi napakami. Pri ženskah lahko operacija zmanjša velikost klitorisa, ustvari odprtino za menstruacijo in odstrani moda. Operacije pri dečkih lahko zdravijo nespuščena moda in odprejo pot v penisu za uriniranje. Te operacije so običajno namenjene normalizaciji genitalij pri otroku, rojenem s spolnimi organi, ki se ne razvijejo izključno kot moški ali ženski.
Transseksualna genitalna rekonstruktivna kirurgija lahko spremeni videz spolnih organov iz ženske v moške. Vsadki penisa in ustvarjanje mošnje iz tkiva, vzetega od drugod po telesu, predstavljata dva pogosta postopka. Vsadki fiziološke raztopine ali gela, nameščeni v novo mošnjo, se običajno pojavijo pri rekonstruktivni kirurgiji spolovil od ženske do moškega. Te operacije lahko vključujejo ustvarjanje penisa iz tkiva, vzetega iz ust ali vagine. Vstavljena palica ali naprava za črpalko lahko omogoči erekcijo, če mikrokirurgija uspešno ponovno poveže krvne žile in živce.
Genitalna rekonstruktivna kirurgija pri spremembi spola pri moških lahko vključuje uporabo dela penisa, ki vsebuje živčne končiče, za ustvarjanje klitorisa. To bi lahko transseksualcu med moškim in žensko omogočilo, da obdrži občutek in sposobnost, da doseže orgazem. Kirurgija lahko vključuje tudi uporabo tkiva iz penisa ali mošnje za ustvarjanje vagine. Če to tkivo ni primerno, se lahko del debelega črevesa uporabi za oblikovanje nožnice. Presajeno tkivo lahko služi tudi kot notranje in zunanje vaginalne ustnice.
Genitalno rekonstruktivno operacijo lahko iščemo tudi iz čisto kozmetičnih razlogov. Nekateri moški se rodijo z odprtino za urin na spodnji strani penisa ali penisom, ki se ukrivlja. Debeli moški lahko opazijo, da njihovi penis ni viden, ker so obdani z maščobo. Operacije za odpravo teh napak običajno izvaja plastični kirurg.
Ženska bi morda želela operacijo zategovanja nožnice, ki se je raztegnila ob porodu. Drugi rekonstruktivni posegi lahko zmanjšajo velikost sramne regije, operacija, imenovana labiaplastika, ko povzroči grdo izboklino skozi oblačila. Odvečno maščobo lahko odstranimo tudi z liposukcijo.