Včasih je morda potrebno, da se nekatere celice v telesu podvržejo programiranemu samouničenju v procesu, imenovanem apoptoza. Celice se lahko lotijo apoptoze kot odziv na okužbo ali poškodbo ali preprosto kot del celotnega poteka rasti tkiva. Ta programirana smrt se aktivira s potjo signalne transdukcije, ki jo sproži posebna beljakovina, imenovana Fas ligand. Druga beljakovina, imenovana Fas receptor, obstaja na površini mnogih celic in je mesto, kjer se ta ligand lahko poveže in povzroči samouničenje. Spremembe te poti, ki vključujejo razmerje med receptorjem in ligandom, so lahko vključene v nekatera bolezenska stanja.
Vezava na Fas receptor omogoča aktiviranje programiranih aktivnosti celične smrti. Fas ligandi vsebujejo tri področja, ki se morajo vsa pritrditi na ustrezna področja na površini celice, da se ta proces začne. Ko se to zgodi, Fas receptor posreduje signale v notranjost prizadete celice in druge proteinske regije, ki se imenujejo domene smrti, se združijo z ligandom in receptorjem, da tvorijo kompleks. Ta kompleks nato aktivira in sprosti spojine, imenovane kaspaze, ki ubijejo celico.
Pravilno delovanje imunskega sistema je vsaj deloma odvisno od prisotnosti Fas receptorja na celicah. Okužene celice in določene imunske celice, imenovane limfociti, ki jih telo ne potrebuje več, je mogoče nadzorovano uničiti s procesom apoptoze. Nato lahko telo ponovno uporabi njihove sestavne molekule ali jih po potrebi odstrani. Ko jih imunski sistem prepozna, bele krvne celice, imenovane T-celice, uporabljajo Fas ligand, da spremenijo receptor Fas na celicah, ki so ciljno usmerjene v smrt, v aktivno obliko s tremi regijami, ki jih ligand lahko prepozna. Nato pride do vezave, tako da je mogoče te nepotrebne ali potencialno škodljive celice odstraniti na način, ki na splošno ne poškoduje bližnjih celic.
Nekatera bolezenska stanja lahko vključujejo motnje normalnega razmerja med Fas receptorjem in njegovim ligandom. Tumorske celice lahko tvorijo nenormalno velike količine ligandnega proteina, ki lahko nato poškoduje bližnje celice, proizvede več hranil za tumor in prepreči, da bi mu imunski sistem poškodoval. Sindrom avtoimunske pomanjkljivosti (AIDS) lahko povzroči učinke ubijanja belih krvnih celic zaradi nepravilne aktivacije Fas receptorja na teh celicah. Med napredovanjem aidsa se zdi, da se pot apoptoze lažje sproži, kar je lahko posledica občutljivosti na to aktivacijo.