Epitop je del proteina, ki ga imunski sistem prepozna. Prepoznajo jih specifične T celice, B celice in protitelesa, ki jih proizvajajo B celice. Ko te celice prepoznajo in jih aktivirajo specifični epitopi, začnejo razvijati imunski odziv. Večina epitopov izvira iz beljakovin, ki jih imunski sistem klasificira kot ne-sebne, kar pomeni, da so beljakovine del tujega organizma, kot je virus ali bakterija.
T celice in B celice se odzivajo na različne vrste epitopov. Obe vrsti celic se lahko odzoveta na epitope iz istega organizma, vendar se ne odzivata na popolnoma enak epitop. To je zato, ker se vsak tip celice odziva na epitope različnih velikosti in oblik. Na splošno celice T reagirajo na epitope, ki so veliko manjši od tistih, ki jih prepoznajo celice B in protitelesa.
Za T celice je aktivacijski epitop fragment proteina. Epitopi, ki aktivirajo celice T, so tisti, ki so jih obdelale imunske celice, imenovane celice, ki predstavljajo antigen, ali APC. Ko APC obdeluje epitope, to stori tako, da zaužije bakterije ali viruse in te organizme razgradi na njihove sestavne beljakovine in druge makromolekule. APC nato na svojih površinah prikažejo beljakovinske fragmente, ki so lahko veliki tudi do osem aminokislin. Ko celica T prepozna epitop in prejme druge potrebne stimulativne signale, postane T celica aktiven del imunskega odziva.
Nasprotno pa celice B in protitelesa, ki jih proizvajajo, aktivirajo veliko večji epitopi. Epitopi celic B in protiteles so še vedno v svojih normalnih tridimenzionalnih konformacijah. Ta razlika v vrstah epitopov, ki jih prepoznajo celice T in B celice, omogoča vsakemu tipu celic, da izvaja različne imunske funkcije.
Protitelesa prepoznajo epitope na naravnih proteinih, ki so pogosto prikazani na površini specifičnega okuženega organizma. Bakterija ali virus se sčasoma obloži s protitelesom, zaradi česar je ranljiv za fagocitno ubijanje. V nasprotju s tem celice T prepoznajo krajše epitope in postanejo pripravljene za različne funkcije, kot je proizvodnja citokinov. Učinkoviti so tudi pri ubijanju celic, ki so okužene z virusi ali intracelularnimi bakterijami, in prepoznajo okužene celice, ker okužba povzroči, da celice na svojih površinah prikažejo tuje epitope.
Močan pomen epitopov v imunskem sistemu je pripeljal do razvoja mapiranja epitopov. Ta tehnika je bila razvita za identifikacijo elementov človeških patogenov, ki jih celice T in B celice verjetno prepoznajo kot epitope. Epitopi, ki so prepoznani kot taki, se lahko nato uporabijo kot tarče za cepiva in lahko postanejo tudi osnova diagnostičnih testov.