Epifenomen je z medicinskega vidika sekundarni ali dodatni simptom, ki ga bolnik razvije med potekom bolezni in je lahko ali pa tudi ne povezan z zadevno boleznijo. Lahko se nanaša tudi na sekundarni simptom ali drug pojav, ki bi lahko prikril pravi vzročno-posledični odnos, ki ga preučujemo. Na primer, morda se zdi, da zdravilo poveča tveganje za določeno bolezen, v resnici pa je lahko stanje, ki je bil razlog za jemanje zdravila, tisto, kar dejansko poveča tveganje za bolezen.
V splošni definiciji epifenomenov zunaj medicinskega okolja se običajno implicira, da epifenomen povzroča primarni pojav – pojav, ki se trenutno preučuje. Običajno se tudi namiguje, da epifenomen ne more vplivati na primarni pojav. Nobeno od naštetega v medicinski definiciji ne drži nujno. Epifenomene v medicini lahko povzroči naključno ali neposredno primarni pojav, čeprav se zdi, da so povezani z njim ali pa tudi ne. Lahko so tudi popolnoma nepovezani z zadevnim stanjem in so pravzaprav lahko simptomi sočasne motnje – to je motnje, ki se pojavi istočasno kot trenutno preučevana.
Epifenomen, ki se pojavi v kliničnem ali raziskovalnem okolju, je lahko zmeden, saj zaradi njegovega obstoja vzročna zveza postane nejasna. Zdravstveno osebje in bolniki so lahko negotovi, ali je epifenomen stranski učinek primarnega pojava ali popolnoma novo stanje. Morda ne bodo mogli ugotoviti, ali je sekundarni simptom povzročila bolezen, zdravljenje, ki se uporablja za bolezen, ali nekaj drugega, kar ni popolnoma povezano z boleznijo in njenim zdravljenjem. To je še posebej zapleteno, če je za medicinsko osebje ali za pacienta logično, da bi bil sekundarni simptom povezan s primarnim stanjem.
Sanje so primer epifenomena, o katerem so govorili in preučevali v medicinskih raziskavah. Ni jasno, ali so sanje le stranski produkt spanja ali služijo kakršnemu koli namenu same po sebi. V želji, da bi izvedeli več o razmerju med spanjem in sanjanjem, nekatere študije obravnavajo sanje pri normalnih osebah v primerjavi s sanjanjem pri narkoleptičnih osebah ali drugih ljudeh, ki imajo težave s spanjem ali sanjami. Raziskovalci morajo biti ustvarjalni pri iskanju načinov za določitev resnične vzročnosti za sanjanjem, tako kot morajo biti pri določanju vzročnosti za katerim koli epifenomom.