Endoskopsko usposabljanje vključuje učenje učinkovite uporabe endoskopa za notranji pregled človeškega telesa, izvajanje notranjih operacij in biopsije. Endoskop je dolgo, prilagodljivo medicinsko orodje, opremljeno z lučjo in video kamero, ki se vstavi v človeško telo. Endoskop se lahko premika po vstavitvi in prenaša slike na televizijski ali računalniški zaslon, tako da lahko zdravnik pregleda notranje organe in tkiva. Endoskop, ki se pogosto uporablja kot pomoč pri diagnostiki, tudi beleži sejo, kar omogoča medicinskemu osebju, da pregleda postopek in ga posreduje drugim članom zdravstvene ekipe, ki med postopkom niso prisotni. Usposabljanje iz endoskopije običajno obsega večino usposabljanja iz gastroenterologije.
Od zdravnikov, ki izvajajo endoskopijo na številnih ključnih področjih, se pričakuje kompetentnost. Ta področja vključujejo kolonoskopijo, endoskopijo prebavil, tehnike endoskopske kirurgije, diagnostiko in biopsije. Specializirana področja endoskopskega usposabljanja vključujejo endoskopski ultrazvok, pediatrično endoskopijo, bronhoskopijo in endoskopsko retrogradno holangiopankreatografijo, če naštejemo le nekatere. Poleg učenja uporabe endoskopa za izvajanje različnih postopkov bo takšno usposabljanje vključevalo učenje čiščenja in razkuževanja instrumenta in dodatnih orodij, ki se uporabljajo med različnimi postopki, ter kako ustrezno dokumentirati ta dejanja. Preprečevanje, prepoznavanje in zdravljenje okužb, ki so posledica endoskopije, je tema, ki jo obravnavajo tudi med usposabljanjem.
V večini programov endoskopskega usposabljanja je diagnostika eno ključnih področij koncentracije. Diagnostika je ena glavnih funkcij endoskopije in je uporabna pri potrditvi diagnoze številnih bolezni. Takšne bolezni lahko vključujejo okužbe sečil, notranje krvavitve, težave z dihanjem, črevesne težave in želodčne razjede.
Kirurgija je še en pomemben del endoskopskega usposabljanja in takšne tehnike segajo od osnovnih kirurških posegov do naprednih postopkov, ki so pogosto rezervirani za specializirana področja endoskopije. Odstranjevanje tujih predmetov, ki se zadržujejo v človeškem telesu, je eden od postopkov, ki se jih bo večina zdravnikov naučila pri endoskopskem usposabljanju. Druge naučene kirurške tehnike pogosto vključujejo odstranitev žolčnika, zavezovanje jajcevodov in odstranjevanje majhnih tumorjev. Napredne kirurške tehnike bodo vključevale učenje, kako pritrditi specializirana orodja na endoskop in jih uporabiti za izvedbo operacije.
Opravljanje biopsij je tudi pomembno področje, ki pomaga pri diagnosticiranju raka. Zdravniki se naučijo, kako uporabljati endoskop za odvzem vzorcev tkiva, ki jih lahko nato analiziramo, da ugotovimo, ali je tkivo rakasto. V mnogih primerih uporaba endoskopa za izvedbo biopsije omogoča pacientu, da se odpove invazivni operaciji, ki je pogosto dražja in dolgotrajna.