Endoskopska ablacija je postopek, pri katerem kirurg skozi majhne zareze v telo prestavi vidno polje in instrumente za zdravljenje in z uporabo električnega toka, zmrzovalnih plinov ali toplote uniči, odstrani in koagulira nenormalno tkivo ali tumorje. Zapleti po ablaciji vključujejo možnost eksplozije ali požara med posegom, nastanek brazgotinskega tkiva in nenamerno perforacijo tkiva.
Multipolarna elektrokavterizacija, znana tudi kot MPEC, je ena vrsta ablacije, ki jo kirurgi uporabljajo za odstranitev tkiva. Kirurg prepelje kateter skozi endoskopsko cev v telo. Konec katetra ima dve majhni elektrodi, ki uvajata tok in tvorita zaključen krog. Kirurg ima tudi možnost vbrizgavanja tekočine za namakanje v mesto. Z neposrednim stikom in uporabo lahkega pritiska preide nadzorovana količina toka v tkivo, ki hkrati peče, reže in nadzoruje krvavitev.
Argonska plazemska koagulacija, običajno imenovana APC, je še ena minimalno invazivna operacija, ki uporablja tok na tkivo. Vendar ne zahteva neposrednega stika. Med tem postopkom endoskopske ablacije kirurgi skozi endoskop v telo prenesejo fleksibilni kateter. Konica ima volframovo elektrodo, ki sprejema električni tok. S pritiskom na nožno stopalko se sprosti plin argon, ki ob dotiku s tokom obloki. Sam lok pride v stik s tkivom in globina uničenja je odvisna od količine plina, ki teče skozi kateter.
Radiofrekvenčna endoskopska ablacija uporablja več majhnih, posebej razmaknjenih elektrod za dovajanje električno proizvedene toplote v nenormalno tkivo. S pomočjo vodilne žice kirurgi vstavijo kateter ob endoskop. Zdravniki uporabljajo tekočine za namakanje, da preprečijo adhezijo tkiva in očistijo kirurško polje. Pri izvajanju posega na predelu požiralnika lahko kirurgi vstavijo balon, ki ob napihovanju preko mesta tkiva ohranja območje odprto in dostopno. Postopek običajno povzroči površinsko celično uničenje.
Krioterapevtska metoda endoskopske ablacije uporablja tekoči dušik ali kakšno drugo hladilno sredstvo za uničenje tkiva. Kirurgi vstavijo kateter s hladno konico poleg endoskopskega instrumenta. Zdravniki običajno sprožijo z nadzorom pedala in razpršijo zmrzovalno snov skozi kateter na tkivo. Po približno 10 do 15 sekundah razprševanja snovi tkivo postane belo. Celice se odmrznejo v 10 do 30 sekundah in počijo zaradi sekundarne ekspanzije zaradi zmrzovanja.
Po endoskopski ablaciji se lahko pri bolnikih pojavijo neželeni učinki anestezije. Pooperativni bolniki na splošno občutijo bolečino in nelagodje zaradi neposredne poškodbe tkiva in zaradi širjenja tkiva zaradi plina, ki se uporablja za napihovanje telesnih votlin. Na mestu okužbe se lahko razvijejo abscesi in okužbe, kar običajno kaže zvišana telesna temperatura. Lahko se pojavijo tudi žilni krvni strdki, ki povzročajo potencialno tveganje za srčni infarkt, pljučno embolijo in možgansko kap.