Endopeptidaza je vrsta proteaze, encima iz velike skupine, ki razgrajuje beljakovine. Encimi so beljakovine, zaradi katerih se reakcije odvijajo veliko hitreje. Beljakovine so sestavljene iz verig aminokislin, ki so povezane s peptidnimi vezmi. Ta povezava povezuje karboksilni konec ene aminokisline z amino koncem naslednje. Endopeptidaze cepijo peptidne vezi aminokislin znotraj proteina, v nasprotju z eksopeptidazami, ki se cepijo na koncih proteina.
Endopeptidaze najdemo v vseh razredih organizmov in imajo široko paleto bioloških aktivnosti. Sodelujejo pri prebavi beljakovin v hrani. To vključuje encime pepsin, tripsin in kimotripsin. Proteaze sodelujejo tudi pri celični signalizaciji z razgradnjo drugih beljakovin, kot so protitelesa ali hormoni. Lahko vklopijo ali izklopijo poti.
Proteaze se običajno najprej izdelajo kot večja molekula, ki je neaktivna. To ščiti celico, ki jo sintetizira, pred poškodbami. Ko je proteaza dostavljena do svojega cilja, na primer v želodec, se del molekule odstrani. To aktivira proteazo.
Zaradi njihove nešteto vlog v celični funkciji obstaja veliko medicinsko zanimanje za aktivnost endopeptidaze. En primer tega je prolil endopeptidaza, ki se cepi posebej za aminokislino prolin. Povezana je s psihološkimi motnjami, kot so depresija, manija in shizofrenija. Obstaja klinični interes za zaviralce prolil endopeptidaze kot možnih antidepresivov.
Drug primer je nevtralna endopeptidaza, ki ima več drugih imen. Poznan je tudi kot neprilizin in antigen običajne akutne limfoblastne levkemije (CALLA). Ta proteaza razgradi majhne izločene peptide, vključno s peptidom, ki je bil vpleten kot vzrok za Alzheimerjevo bolezen, in več pomembnih signalnih peptidov. Nevtralna endopeptidaza se včasih uporablja kot označevalec raka, vendar njena vloga pri raku ni jasna. Zaviralci so bili razviti za pomoč pri lajšanju bolečin in nadzoru visokega krvnega tlaka.
Endopeptidaze so uvrščene v različne družine, odvisno od strukture njihovega aktivnega mesta in pogojev, ki jih imajo radi. Obstajajo serinske proteaze, ki imajo na svojem aktivnem mestu aminokislino serin. Člani te družine vključujejo prebavne proteaze tripsin in kimotripsin, skupaj s prolil endopeptidazo. Eden od inhibitorjev, ki se pogosto uporablja v biokemičnih raziskovalnih laboratorijih, je zelo strupena spojina fenilmetansulfonilfluorid (PMSF). Uporablja se med izolacijo in čiščenjem beljakovin za zaviranje aktivnosti serinske proteaze, ki lahko razgradi beljakovino, ki se čisti.
Cisteinske proteaze imajo na svojem aktivnem mestu skupino žvepla in so pogoste v sadju. Te encime najdemo v mehčalcih za meso. Papain je primer takšne endopeptidaze in se uporablja za zdravljenje pikov čebel in os.
Aktivno mesto asparaginskih proteaz na splošno vsebuje dve aspartatni skupini. Metaloendopeptidaze za delovanje potrebujejo kovinski kofaktor. Nevtralne endopeptidaze so del te družine, ki za delovanje potrebujejo cink.