Kaj je ekstrakcija RNA?

Ekstrakcija ribonukleinske kisline (RNA) je laboratorijski proces, ki se običajno uporablja v molekularno bioloških raziskavah. Z izolacijo verig RNA lahko raziskovalci preučujejo genetske komponente različnih organizmov, od bakterij do ljudi. Čeprav je deoksiribonukleinska kislina (DNK) najpogostejša nukleinska kislina, povezana z genetskimi raziskavami, je RNA povezava med DNK in celičnimi beljakovinami, ki so odgovorne za različne strukturne vloge. Ekstrakcija RNA omogoča znanstvenikom, da preučijo pot od informacij o DNK do proizvodnje beljakovin in delovanja celic.

Nukleinske kisline v obliki DNK in RNA hranijo genetske informacije, potrebne za delovanje in razmnoževanje celic. Ribonukleinska kislina ali RNA je povezava med DNK in celičnimi beljakovinami. Posebne vrste RNA kopirajo specifične dele DNK, da pomagajo pri tvorbi takšnih beljakovin. Sledenje poti med DNK in celičnimi beljakovinami pomaga raziskovalcem razumeti regulacijo genov in sintezo beljakovin znotraj posameznih celic. Procesi, ki olajšajo ekstrakcijo RNA in zagotavljajo stabilnost vzorca, dajejo raziskovalcem sredstva, da sledijo poti med DNK in RNA.

Med ekstrakcijo RNA se biološki vzorci zmanjšajo in očistijo do te mere, da se RNA izolira za kasnejšo preiskavo. Molekularne komponente, kot so beljakovine, RNA in DNK, se razdelijo ali izolirajo ob različnih časih, kar omogoča ekstrakcijo specifičnih vrst RNA. Različne vrste tkiv in celic zahtevajo različne metode ekstrakcije RNA. Medtem ko obstajajo različne metode za izvajanje ekstrakcije RNA, najpogostejša uporablja centrifugiranje za mešanje bioloških vzorcev z različnimi kemičnimi spojinami, znanimi skupaj kot denaturanti.

Ena pogosta metoda ekstrakcije RNA je ekstrakcija s fenol-kloroformom, znana tudi kot PC ali PCIA. S to metodo vzorce tkiva zmešamo z enakimi deli fenola in kloroforma. Znana kot dvofazna zmes, se raztopina centrifugira v denaturacijski raztopini. Nastaneta dve fazi, pri čemer je prva vodna faza, druga pa organska faza. V vodni fazi pride do ekstrakcije RNA s pomočjo precipitacije etanola.

Druge metode za ekstrakcijo RNA se razlikujejo glede na velikost vzorca, vrsto tkiva in ali je potrebna celotna ali delna RNA. Za vzorce kvasovk, rastlin ali živali so potrebni popolna RNA ali celotna evkariontska RNA. Po drugi strani pa bakterije potrebujejo celotno prokariontsko RNA. Vsaka vrsta RNA zahteva drugačno metodo priprave vzorcev, ekstrakcije in shranjevanja.

Zapleti pri ekstrakciji RNA so pogosti in se na splošno nanašajo na razgradnjo RNA po ekstrakciji. Encimi ribonukleaze, ki so običajno prisotni v vzorcih tkiva, hitro razgradijo RNA. Če se ne uporabi hitro, lahko razgradnja RNA naredi vzorec neuporaben. V odgovor številne metode ekstrakcije RNA vključujejo korake za pripravo vzorcev za shranjevanje, tako pred ekstrakcijo kot po njej, da zmanjšajo ali upočasnijo razgradnjo RNA.