Ekstrakcija fenola je znanstveni postopek ekstrakcije čiste ribonukleinske kisline (RNA) in deoksiribonukleinske kisline (DNK) iz določenega vzorca celice. Postopek v glavnem vključuje ločevanje ali odstranjevanje beljakovin iz celice, pri čemer za seboj pusti DNK in RNA. Po vsem svetu je ekstrakcija fenola najbolj razširjena metoda za ekstrakcijo čistih vzorcev DNK in RNA.
Postopek ekstrakcije fenola se začne, ko se kemična spojina fenol vnese v vzorec celice, ki se običajno nahaja v vodni mešanici. Tako kot olje, kemična struktura fenola ne omogoča, da se zlahka pomeša z vodo, zato bo potonil tik pod vodo, saj je fenol gostejši. Kemiki bi nato zmešali dve fazi – vodo in fenol -, da bi začasno ustvarili emulzijo.
Medtem ko je fenol znotraj vodne plasti, bo pritegnil beljakovinske elemente vzorca celice in jih razgradil. DNK ali RNA bo medtem ostala neprekinjena v vodni fazi. Nato se posoda s celotno mešanico da v stroj, imenovan centrifuga, ki bo pomagal ločiti mešanico na dve prvotni fazi, fenol in vodo. Ko je mešanica ločena, bi kemiki ekstrahirali vodo, ki vsebuje DNK ali RNA, medtem ko se fenolna faza odstrani. DNK je podvržena nadaljnji precipitaciji etanola, da jo “razsoli” in naredi bolj koncentrirano.
Izbira fenola za ekstrakcijo DNK je narejena, ker je spojina nepolarna molekula, medtem ko sta tako DNK kot voda sestavljena iz polarnih molekul. V kemiji je splošno pravilo, da se polarne molekule najbolje raztopijo v polarnih molekulah, nepolarne molekule pa zlahka raztopijo nepolarne molekule. To pomeni, da medtem ko fenol raztopi beljakovine med ekstrakcijo fenola, ne bo raztopil DNK ali RNA, tako da ohranijo svojo strukturo in jih je mogoče ekstrahirati iz vode. Fenol je tako učinkovit pri raztapljanju beljakovin, da se slednje trajno razgradijo.
Pri ekstrakciji fenola je kislost celotne mešanice pomembna za učinkovito ekstrakcijo DNK in RNA. Kemiki priporočajo, da ima fenol pH višji od 7, da lahko vodna plast uspešno zbira DNK. Pri pH 4.5, ki že velja za kislo, lahko RNA že zbira vodna faza. Za spremembo kislosti ali alkalnosti fenola se dodajo nekatere kemikalije, na primer spojina tris ali N-etilmorfolin.