V prebavnem sistemu obstaja veliko različnih encimov, ki razgrajujejo molekule hrane. Vsak od teh encimov ima drugačno vlogo in nekateri delujejo v določenem organu le pod določenimi pogoji. Večina prebave poteka v tankem črevesu z velikim številom različnih encimov. Prebava beljakovin je primer kompleksnega procesa, ki ga v različnih organih izvajajo različne skupine encimov. Eksopeptidaze so ena od skupin encimov, ki sodelujejo pri popolni prebavi beljakovin.
Prebava beljakovinske molekule je zelo specifična, saj vključeni encimi prekinejo samo vezi poleg nekaterih aminokislin v peptidni verigi. Ko se tvori peptidna vez, je vedno med amino koncem ene aminokisline in karboksilnim koncem druge. Ko je zaporedje aminokislin podano za določeno peptidno verigo ali beljakovino, se običajno bere od amino konca, N terminala, do zadnje aminokisline, ki ima prosti karboksil, ali C terminala. Na začetku, čeprav se beljakovine razgrajujejo, nastane zelo malo aminokislin.
Beljakovine so velike molekule in njihova prebava poteka v več korakih, ki se začnejo v želodcu s pepsinom, eno od treh endopeptidaz. Ko se delno prebavljene beljakovine premaknejo iz želodca v tanko črevo, drugi dve endopeptidazi, tripsin in kimotripsin, nadaljujeta z razgradnjo beljakovin. Ti trije encimi razdelijo dolge peptidne verige, ki sestavljajo beljakovino, na različne dolžine. Endopeptidaze so poimenovane tako, ker razgradijo peptidne vezi, ki jih najdemo v proteinu.
Za dokončanje prebavnega procesa za proizvodnjo posameznih aminokislin iz beljakovinske verige je potrebna eksopeptidaza. Vsaka eksopeptidaza prekine vez med končno aminokislino in preostalo verigo. Obstaja več različnih eksopeptidaz, od katerih ima vsaka zelo specifičen način delovanja. Kjer je aminokislina povezana s preostalim delom peptidne verige in katere aminokisline so združene, igra vlogo pri določanju, katera eksopeptidaza bo prekinila vez.
Karboksipeptidaza je eksopeptidaza, ki prekine vez med zadnjo in zadnjo aminokislino na koncu C. Druga eksopeptidaza, aminopeptidaza, izvaja enako delovanje, vendar na N končnem koncu. Druge eksopeptidaze, imenovane dipeptidaze, razgradijo določene pare aminokislin. Na primer, ena dipeptidaza bo prekinila samo vez med glicinom, povezanim z levcinom. Druga dipeptidaza bo delovala samo na peptidno vez med dvema povezanima aminokislinama glicina.