Ekološko čebelarstvo je postopek vzreje čebel brez uporabe pesticidov, herbicidov in drugih nenaravnih ali škodljivih snovi. Da bi čebelarstvo ustrezalo definiciji ekološkega, je treba čebele vzgajati z uporabo popolnoma naravnih materialov in metod, pri čemer je treba skrbeti za ohranjanje zdravja čebel in nizke ravni stresa. Pomembno je omeniti, da lahko čebelar svoj trud šteje za organsko, tudi če ne izpolnjuje vseh teh standardov. Običajno pa mora izpolnjevati te standarde, če želi, da je njegov čebelarski projekt certificiran ekološki.
Hrbtenica ekološkega čebelarstva je zagotavljanje, da so proizvodi in snovi, ki se uporabljajo za panje, varne za čebele in čebelarja. Če čebelar ali njegove čebele z njim ne morejo ravnati ali ga varno zaužiti, ne sodi v ekološko čebelarjenje. Pesticidi in herbicidi so med stvarmi, ki so v ekološkem čebelarstvu prepovedane. Te snovi lahko oslabijo imunski sistem čebel, zaradi česar je večja verjetnost za razvoj bolezni.
Lokacija panja pogosto igra pomembno vlogo pri tem, ali se čebelarstvo šteje za ekološko ali ne. Standardi za certifikacijo ekološkega čebelarstva lahko zahtevajo, da je panj v določeni razdalji od naravne vegetacije ali zemljišča, ki se obdeluje z ekološkimi metodami. Nekateri standardi certificiranja na primer zahtevajo, da ima ekološko čebelarstvo najmanj tri milje (4.82 kilometra) ekološke kmetijske površine ali naravnega rastlinskega sveta okoli sebe. To pomaga zagotoviti, da bodo čebele omejile svoje hranjenje na ta območja, saj je malo verjetno, da bodo letele dlje v iskanju hrane.
Ekološko čebelarjenje od čebelarja zahteva tudi uporabo panjev, ki so zgrajeni samo iz naravnih materialov. Na primer, ekološki čebelar lahko zgradi panj iz nepobarvanega lesa. Vendar se ekološki čebelar ne ustavi le pri izdelavi panja. Uporablja tudi orodja, ki so varna za stik s hrano in brez potencialnih onesnaževal.
Za ekološko dejavnost se upošteva tudi način, na katerega čebelarji nabirajo panjske proizvode. Ekološki čebelar ob spravilu pusti nekaj medu v panju in tako zagotovi, da se čebele lahko hranijo z njim, ko je vreme zelo hladno ali suho. Čebelarji pogosto pomagajo dopolniti prehrano svojih čebel z zalogo sladkorne vode. Ekološki čebelar se tej praksi izogiba, saj ve, da to ni zdravo za njegove čebele. Ekološki čebelarji pustijo tudi nekaj prvotnega satja za čebele, ko odstranijo čebelji vosek, kar pomaga zmanjšati stres za čebele.