Za vsako vrsto pridelka, ki ga kmet želi pridelovati ekološko, brez pomoči kemičnih gnojil ali pesticidov, je predstavljen drugačen sklop težav. Pridelava dobičkonosnega pridelka ekološkega krompirja, na primer, bo verjetno zahtevala več časa in denarja, porabljenega pred trgom, ter višjo ceno na stojnici s pridelki kot tisti, pridelani s konvencionalnimi sredstvi. Poplačilo je zelenjava, ki nima potencialno škodljivih toksinov za ljudi in njihova zemljišča.
Center za integrirane kmetijske sisteme na Univerzi v Wisconsinu je med študijo ekološkega krompirja iz leta 1990 ugotovil, da imajo tisti, pridelani s kemičnimi pesticidi, herbicidi in gnojili ter gensko spremenjenimi semeni, višji donos in nižje stroške. V enem letu so običajne kmetije v študiji dale približno 32,800 lbs. (skoraj 15,000 kg) na hektar krompirja, ekološke kmetije pa so prinesle približno 21,200 funtov. (skoraj 10,000 kg) na hektar. Poleg tega so bile kmetije ekološkega krompirja nekoliko dražje za delovanje, s povprečnimi cenami pri 1,074 USD (USD) na hektar, v nasprotju z 928 USD (USD) na hektar za običajne kmetije. UW je ugotovil, da so morali ekološki kmetje, da bi konkurirali, dramatično zvišati cene, da bi upravičili svoje delo.
Dodatni stroški in čas, povezani z gojenjem ekološkega krompirja, vključuje več dejavnikov. Namesto da bi za zatiranje krompirjevih bolezni uporabljali kemična gnojila ali herbicide, morajo kmetje posaditi polja, ki so leto prej pridelala koruzo ali lucerno, da bi preprečili določene bolezni. Kmetje morajo plevel pobirati ročno ali uporabiti nekamična sredstva za uničevanje plevela, namesto da bi plevel zadušili s herbicidi.
Morda največja grožnja ekološkemu krompirju predstavljajo številni škodljivci, ki jih privlačijo. Običajno bodo kmetje uporabili potencialno škodljive insekticide, da bi preprečili hrošče, ki jih rastline najbolj pritegnejo. Po mnenju Oddelka za entomologijo Univerze v Kentuckyju je mogoče te hrošče razdeliti na dva razloga. Nadzemne grožnje so drobne listne uši, krompirjevi listnati in krompirjevi hrošči. Pod tlemi so enako uničujoče bele ličinke in rjavi žičnati črvi. To so le najbolj razširjene grožnje v tem delu sveta.
Ekološki krompir zahteva posebna gnojila, insekticide, ravnanje z vlago in kolobarjenje, da bi dosegel tržen pridelek. To bo verjetno pomenilo tudi več časa, porabljenega za izkoreninjenje škodljivcev in bolezni. Kljub temu višji stroški na trgu pomenijo bolj zdravo zemljo, v kateri rastejo rastline, in bolj zdravo hrano na mizi.