Ekološko pridelane rastline so tiste, pridelane brez uporabe umetnih proizvodov; običajno gnojila, pesticidi in herbicidi. Namesto tega se mora vse, kar se uporablja za takšne pridelke, odvijati naravno, kar pogosto pomeni, da je za pridelavo teh pridelkov potrebno več dela, vendar pridelovalec zagotavlja, da se jih niso dotaknile kemikalije, ki jih je ustvaril človek. Ekološka lucerna je ena takih poljščin in se lahko goji kot krma za živino, ki se uporablja za proizvodnjo hrane ali se spremeni v prehranska dopolnila za ljudi.
Pri pridelavi ekoloških pridelkov lahko plevel postane resna težava, če ni ustrezno nadzorovan. Eden od načinov za zmanjševanje rasti plevela je, da se polje nenehno zasaja bodisi z organsko lucerno bodisi s pokrovnimi posevki, kot je ovsena trava. Ta metoda ohranja območje pokrito z zaželeno rastlino, ki je običajno gosta in hitro raste ter zaduši večino plevela, preden se lahko začne. Malo preden je čas za sajenje lucerne, se ovsena trava zaora in pusti, da zgnije, tako da služi tudi kot gnojilo ali tako imenovano zeleno gnojilo in zagotavlja hranila za nov pridelek.
Organsko lucerno običajno gnojimo tudi s starim gnojem iz hlevov za konj ali govedo ali staranim organskim kompostom, ki lahko vključuje gnilo pokošeno travo in kuhinjske odpadke ter drugi rastlinski material. Pomembno je, da je vse, kar je dodano kompostu, organsko, saj lahko kemični onesnaževalci v kateri koli fazi procesa pomenijo, da nastala lucerna ni več zares organska. Večina pridelovalcev ekoloških pridelkov je pri takih stvareh natančna in se zelo potrudijo, da bi se izognili vsaki možnosti, da bi neekološki materiali prišli v stik z njihovimi pridelki.
Ker so kemični pesticidi zagotovo umetniški, morajo pridelovalci ekološke lucerne poiskati druge načine za boj proti škodljivcem, ki jih pritegnejo polja. Ena zelo priljubljena metoda je uporaba naravnih nadzorov, zlasti plenilskih žuželk, ki plenijo tiste žuželke, ki bi sicer lahko uničile organski pridelek lucerne. Pikapolonice, nekatere ose, gusarske žuželke in bogomolke se uporabljajo za zatiranje različnih škodljivcev, ne da bi se morali zateči k uporabi kemikalij, ki so lahko nevarne.
Kljub višji ceni ekološke lucerne, deloma zato, ker je dražja za pridelavo, mnogi ljudje menijo, da je vredno dodatnih stroškov, da bi se izognili zdravstvenim težavam, ki spremljajo toliko umetnih izdelkov, ki so v splošni uporabi. Kadar se lucerna uporablja kot krma za živali, ni možnosti, da bi se v mesu ali mleku živali za proizvodnjo hrane kopičili škodljivi pesticidi ali druge kemikalije. V nekaterih primerih se organska lucerna uporablja za pripravo prehranskega dopolnila za ljudi in zdi se, da večina ljudi, ki se odločijo za uporabo takšnih dodatkov, raje, da izdelek ni narejen iz lucerne, ki je bila izpostavljena potencialno škodljivim kemikalijam.