Ekologija mokrišč vključuje preučevanje katerega koli območja kopnega, ki je vsako leto delno ali v celoti potopljeno pod vodo bodisi trajno ali za daljše časovno obdobje. Obstaja veliko vrst mokrišč, od močvirja do obalnih plimskih mokrišč. Vsako okolje vsebuje edinstveno mešanico rastlin in živali.
Preučevanje močvirja je velika veja ekologije mokrišč. Močvirja so v veliki meri opredeljena s prisotnostjo potopljenih, a še živih dreves. Ta območja običajno obstajajo na poplavnih ravnicah v bližini rek in lahko postanejo precej velika. Močvirni sistem Al-Sudd v južnem Sudanu, na primer, pokriva več kot 30,000 kvadratnih kilometrov (18,641 kvadratnih milj). V Združenih državah močvirje Big Cypress, ki meji na Florida Everglades, vsebuje 2,400 kvadratnih milj (3,862 kvadratnih kilometrov) ekologije mokrišč.
Močvirja imajo veliko biotsko raznovrstnost. Na teh območjih se zdijo veliki plazilci, kot so aligatorji in krokodili, še posebej domači. Življenje žuželk je bogato in zagotavlja hrano za številne vrste rib in ptic. Stagnirajoči bazeni v teh ekosistemih gostijo različne vodne rastline in glive.
Močvirja pogosto mejijo na močvirja, lahko pa nastanejo tudi samostojno. Ta območja so lahko sestavljena iz sladke vode ali kombinacije sladke in slane vode. Na splošno so vode v močvirjih bolj stoječe kot v močvirjih, dreves pa je malo ali sploh ni.
Območja močvirja, ki mejijo na ocean, pogosto vsebujejo mešanico sladke in slane vode. Slanična močvirja in soline imajo najvišjo vsebnost soli in pogosto najmanj raznolikosti divjih živali. V teh ekosistemih uspevajo trave, odporne na sol, kot sta ostriga in žična trava. Raki, ostrige in ribe, ki jih naplavijo plima, privabljajo nešteto ptic.
Sladkovodna močvirja in vmesna močvirja imajo blago ali nič slane vode. Posledično je rastlinsko in živalsko življenje bogato in raznoliko. Na teh območjih je veliko sesalcev, zlasti glodalcev. Vodne ptice, kot so race in gosi, so vseprisotne, tako kot majhni plazilci, kot so žabe in želve. Ekologija mokrišč v močvirjih vključuje tudi številne iste vrste rib in ptic, ki so prisotne v lokalnih vodnih poteh.
Ekologija mokrišč v manjši meri vključuje tudi preučevanje barjanskih habitatov. Podobno kot močvirja so ta mokrišča pogosto gozdnata. Voda iz barja pa je izjemno kisla in običajno precej stoječa. Ta kombinacija pogosto proizvaja šoto, kadar so prisotne velike količine odmrlega mahu ali lišajev.
Živalsko življenje v barjih je omejeno s kislostjo vode. Prisotne vrste pa so pogosto zelo prilagojene na razmere barjanskega okolja. Posledično te rastline in živali redko najdemo na drugih območjih.