Izraz digitalni mikroskop se lahko nanaša na dve različni nastavitvi. Lahko je optični mikroskop s priloženo video kamero ali digitalno kamero ali mikroskop z vgrajeno kamero. V obeh primerih je sposoben oddati pogled na to, kar je na odru, kot digitalno sliko, v obeh primerih pa lahko kamero imenujemo digitalna mikroskopska kamera. Pomanjkljivost digitalne mikroskopske kamere, ki je pritrjena na optični mikroskop, je, da so leče zasnovane za človeško oko in ne za kamero, zato je slika lahko slabše kakovosti kot tista, pridobljena z integriranim modelom. Po drugi strani pa nekateri integrirani modeli nimajo okularja in so odvisni od povečave z monitorja.
Digitalna mikroskopska kamera omogoča številne možnosti, ki niso na voljo pri mikroskopu, ki takšne kamere nima. Omogoča shranjevanje slik za vodenje evidence, prenašanje po internetu ali vključevanje v dokumente. Projicirana slika omogoča študij stran od mikroskopa in deljenje slike z drugimi – na primer s skupino študentov ali kolegov, povečava pa lahko vodi tudi do boljšega razumevanja podatkov. Z video kamero je dodana možnost snemanja in deljenja pogleda na pojav ali eksperiment skozi čas.
Obstajajo monokularni optični mikroskopi in trinokularni mikroskopi, ki so zasnovani tako, da olajšajo pritrditev digitalne mikroskopske kamere ali video kamere. V primeru monokularnega mikroskopa se digitalni fotoaparat prilega enemu okularju. S trinokularnim mikroskopom se kamera pritrdi na tretji okular, ki je posebej zasnovan za to uporabo. Ko mikroskopu dodajate digitalno mikroskopsko kamero, je navaden priključek C-mount adapter za mikroskop.
Prvi digitalni mikroskop je izdelal Hirox® leta 1986. USB in FireWire zdaj omogočata neposredne povezave med kamero digitalnega mikroskopa in računalnikom. Druge pomembne razlike v nastavitvah digitalnega mikroskopa vključujejo kakovost optike, razpoložljivost okularja, število megapikslov, ki jih ima kamera, uporabljeno programsko opremo za slike, ali je mikroskop na stojalu ali ročni, in stroške .