Metanski digestor je bolj znan kot anaerobni digestor, ker razgrajuje organske odpadke z omejevanjem vnosa kisika in proizvaja plin metan kot stranski produkt. Anaerobna razgradnja organskih snovi, kot so živalski iztrebki, odpadna hrana in rastlinske snovi, je naravni proces, pri katerem nastane plin metan, ko pa se zgodi v digestorju metana, se plin lahko zbere in uporabi kot gorivo. Velike kmetijske dejavnosti in obrati za obdelavo odpadkov pogosto reciklirajo živalske odpadke in odplake v digestor metana in plin, ki je podoben zemeljskemu plinu, uporabljajo za ogrevanje in proizvodnjo električne energije.
Anaerobna razgradnja poteka v dveh stopnjah. Pri prvem kompleksne organske molekule v odpadkih kisli mikrobi razgradijo na peptide, alkohol in preproste sladkorje. Te molekule nato ponovno razgradijo različni mikrobi. Kot stranski produkt proces proizvaja pline, vključno z metanom, vodikom in ogljikovim dioksidom, ter trdne snovi z visoko vsebnostjo dušika. Ta postopek se razlikuje od aerobne razgradnje ali razgradnje v prisotnosti kisika, ki proizvaja večinoma ogljikov dioksid in amoniak kot stranska produkta. Poleg tega tudi reducira surovino v snov z nizko vsebnostjo dušika in ki se lahko uporablja kot gnojilo.
Konstrukcija digestorja metana vključuje nepredušno posodo z odprtino za vnos odpadnih snovi in cev za zbiranje plina. Prebava najbolje poteka pri temperaturah v območju od 32°C do 35°C (89°F do 95°F) in se bo močno zmanjšala, če temperatura pade pod 16°C (61°F). Razmerje med trdnimi snovmi in vodo naj bo približno 8 %, kar pomeni, da je treba živalske odpadke zmešati z enako količino vode. Medtem ko bo digestor metana dobro deloval samo z živalskimi odpadki, je mogoče njegovo učinkovitost izboljšati z dodajanjem rastlinskih snovi.
Zaradi dvojnih prednosti goriva za električno energijo in toploto ter zmanjšanja količine odpadkov v blato brez vonja, ki ga je mogoče reciklirati, je digestor metana stroškovno učinkovita in okolju prijazna možnost za obdelavo odpadkov. Velik digestor je lahko zgrajen kot pokrito laguno z razdelilniki za zbiranje plina, medtem ko je manjši lahko sestavljen iz rezervoarja, ki lahko stoji na tleh ali je zakopan. Rezervoarji se lahko segrejejo, zaradi česar so boljši kandidati za hladnejše podnebje. Čeprav digestor metana zmanjša odpadke v material brez vonja, postopek ni brez vonja. Poleg tega digestorji oddajajo škodljive pline, kot so ogljikov monoksid, žveplovi oksidi in amoniak, tako da bližina velikega digestorja ni idealno stanovanjsko območje.