Flash datotečni sistem je tisti, ki je sestavljen iz vrste elektronsko izbrisljivega programabilnega pomnilnika samo za branje (EEPROM), imenovanega bliskovni pomnilnik. Je ena izmed najbolj priljubljenih metod shranjevanja podatkov in je nehlapna, kar pomeni, da hrani informacije tudi, ko ni električne energije. Datotečni sistem flash, ki ga najdemo v strežnikih podatkovnih centrov, pa tudi v mobilnih telefonih in ročnih računalnikih, je razporejen v bloke podatkov, ki jih je treba pred zapisovanjem v celoti izbrisati. Standardni blok za brisanje vsebuje približno 128 kilobajtov podatkov, nekateri bloki pa lahko shranijo tudi do 2,048 kilobajtov.
Pomnilnika v datotečnem sistemu flash ni mogoče shraniti neskončno dolgo. Po določenem številu ciklov zapisovanja in brisanja se podatki poškodujejo in delov pomnilnika ni več mogoče uporabljati. Izravnavanje obrabe se uporablja za ustvarjanje ravnovesja med deli bliskavice, ki se pogosto uporabljajo, in drugimi, ki niso. Proces dinamičnega izravnavanja obrabe lahko privede do velikih blokov diska s podatki, ki se redko spreminjajo, kar povzroči pogoste spremembe na drugih področjih. Bolj statična strategija premakne podatke na mesta, ki se bolj uporabljajo za bolj učinkovito ravnotežje.
V datotečnem sistemu flash podatke najdemo z uporabo metode za preslikavo podatkovnih blokov in sektorjev. Ti zemljevidi podatkovne strukture so shranjeni v flash napravah in se posodobijo, ko se spremenijo podatki z uporabo posebnih dodeljenih identitet za vsak blok. Sektorji in bloki so samodejno povezani, ko pride do cikla ponovnega pisanja v pomnilniku z naključnim dostopom, vendar v flash sistemu posredni zemljevid pomaga povezati sektorje z bloki. Podatke je mogoče najti hitreje z neposrednim zemljevidom, ki je shranjen v flash transakcijski plasti, nekakšen vmesniški odsek, ki vsebuje informacije o podatkih, dodeljenih različnim blokom in enotam za brisanje.
Zadrževanje podatkov je pogosto navedeno kot prednost za datotečni sistem flash. Kako dolgo ostanejo podatki varni, je odvisno od delovne temperature in koliko ciklov zapisovanja in brisanja lahko opravi pomnilniška naprava, preden se zmogljivost sistema poslabša. Številni bliskovni sistemi so ocenjeni na 20 let in lahko prenašajo od 1,000 do 1,000,000 ciklov brisanja. Pogosteje se zapisujejo in brišejo podatki in višje kot so temperature, krajša je splošna pričakovana življenjska doba ohranjenih podatkov in pomnilniškega sistema.