Citoplazmatsko obarvanje se pojavi, ko se tekočina v celici razbarva. To se zgodi iz enega od dveh razlogov: bodisi zato, ker je celica na nek način postala pomanjkljiva ali ker je bila obarvana za namene znanstvene analize. Virusi, kot je citomegalovirus, in raki, kot je hepatocelularni karcinom, lahko povzročijo granulirano obarvanje citoplazme. Znanstveniki obarvajo citoplazmo, da bi ustvarili barvni kontrast pri preučevanju določenih elementov celice.
Citoplazma je viskozna tekočina v celični membrani. Je značilnost tako prokariontskih kot evkariontskih celic. Citoplazma v prokariontski celici vsebuje ves celični genetski material, beljakovine in druge materiale. V evkariontski celici se številne funkcije celice izvajajo znotraj samostojnih organelov. Skoraj 70 odstotkov citoplazme evkariontske celice je sestavljeno iz citosola, dejanske tekočine, ki vsebuje večinoma vodo, sol in topne molekule, kot so beljakovine, lipidi in ogljikovi hidrati.
Citomegalovirus (CMV) je vrsta herpesvirusa, ki lahko okuži ljudi in druge organizme in je en primer stanja, ki lahko povzroči citoplazmatsko obarvanje. Človeška različica, HCMV, povzroča veliko škodo le bolnikom z zatrtim imunskim sistemom, kot so tisti z virusom humane imunske pomanjkljivosti (HIV). Citoplazmatsko obarvanje se pojavi v majhnem številu celic, na katere vpliva CMV. Študije so dokazale, da je citoplazmatsko obarvanje celic, okuženih s CMV, naključno in ni diagnostično.
Znanstveno citoplazmatsko obarvanje se zgodi, ko se citoplazmi doda barvilo, specifično za razred. Namesto da obarva celotno citoplazmo ali citosol, barvilo cilja na določene njene elemente, kot so organele, beljakovine ali deoksiribonukleinska kislina (DNK). Barvilo se nanese bodisi, ko je celica živa (in vivo) ali ko je celica mrtva (in vitro). Vzorce po barvanju preučimo z mikroskopi.
Postopek obarvanja se razlikuje glede na to, kaj je cilj in zakaj. Raziskovalni laboratoriji imajo običajno vzpostavljene protokole za obarvanje vsake vrste celic. Na primer, raziskave obarvanja celic med hepatocelularnim karcinomom zahtevajo imunokemično obarvanje kot prednostno metodo citoplazmatskega obarvanja, da bi preučili odziv telesa na karcinom. Ta postopek vključuje deparafinizacijo, izpiranje z vodikovim peroksidom in segrevanje vzorca v raztopini za pridobivanje antigena.
Hepatocelularni karcinom je relativno pogosta oblika malignega raka pri ljudeh. To je rak, ki prizadene predvsem jetra in v Združenih državah je vsako leto približno 16,000 novih primerov raka. Znanstveniki so razvili barvilo ali izdelovalec, imenovan ščitnični transkripcijski faktor-1 (TTF), za razlikovanje primarnih rakavih celic od nevarnejših metastatskih rakavih celic.