Kaj je brskalnik Genome?

Brskalnik genoma je spletni vmesnik, ki se uporablja za ogled fizičnega zemljevida kromosoma. Ta zemljevid prikazuje, koliko DNK loči dva gena, merjeno v baznih parih. Človeški kromosomi so veliki od 50 milijonov do več kot 250 milijonov baznih parov. Brskalnik genomov prikazuje shematične prikaze celotnih kromosomov kot tudi “povečane” sheme posameznih genov in celo dejansko zaporedje baznih parov.

Brskalnik genoma omogoča uporabniku, da se pomika po kromosomu in približa določene lokacije. Številni brskalniki genomov uporabniku omogočajo povečavo na ravni ogleda dejanskega zaporedja DNK, čeprav je resnična uporabnost brskalnika v zmožnosti ogleda genov v njihovem širšem kontekstu, namesto da bi si ogledal zaporedje DNK na ravni nukleotidov. Povprečna velikost gena je 3,000 baznih parov, tako da bo uporabnik pri povečavi na ravni osnovnega para videl manj kot celoten gen. Največji človeški gen, distrofin, je dolg 2.4 milijona baznih parov.

Poleg pregledovanja shematskih prikazov genov lahko brskalniki za genome prikažejo tudi druge koristne informacije. To lahko vključuje del gena, ki je preveden v protein, imenovan mRNA, in zaporedja DNK, ki imajo druge funkcije kot kodiranje beljakovin. Brskalnik genoma lahko pokaže tudi, kateri segmenti DNK so bili uporabljeni v procesu sekvenciranja genoma.

Veliko število organizmov ima sekvencirane genome. Ni enega brskalnika, ki bi bil standarden za področje genomike, zato se lahko brskalniki genomov razlikujejo med sekvenciranimi genomi. Brskalniki genoma imajo funkcijo, da lahko iščejo gene ali zaporedja, ki jih zanimajo, kar uporabniku omogoča, da skoči z ene genomske lokacije na drugo. Ne bi bilo učinkovito, če bi se pomikali po kromosomu, da bi prišli do zanimive lokacije, zaradi zelo velike velikosti večine kromosomov.

Nekateri brskalniki za genome imajo orodja, imenovana razvrščevalniki genov. To orodje prikaže tabelo genov, ki so med seboj povezani. Razmerje je lahko eno od več vrst: homologija zaporedja, podoben profil ekspresije ali genomska bližina. Uporabnik išče gen z besedo ali besedno zvezo, izbere vrsto razmerja, ki ga želi, razvrščevalnik genov pa prikaže rezultate iskanja.