V medicinskem smislu se izraz “biokompatibilnost” uporablja za označevanje sposobnosti materialov, da medsebojno delujejo s telesom, ne da bi poškodovali. Materiali, ki jih je treba testirati na biokompatibilnost, vključujejo kirurške instrumente, medicinske vsadke in materiale, ki bodo prišli v stik s kožo. Telo je izjemno zapleteno, zato en sam test ne more zajeti vseh situacij, v katerih bi se material lahko uporabil, zato je testiranje biokompatibilnosti običajno dolgotrajen in zapleten proces.
V biokompatibilnih materialih mora biti prisotnih več lastnosti. Prvi je, da ne smejo biti strupeni za celice. Če je vgrajen medicinski implantat in ubije okoliške celice, bi to očitno povzročilo zaplete za pacienta. Poleg tega material ne sme sprožiti imunskega odziva. Pogosta težava pri medicinskih vsadkih je zavrnitev, pri kateri imunski sistem prepozna snovi v vsadku kot tuje in se z njimi poskuša boriti. To vodi do vnetja in okužbe ter lahko moti delovanje vsadka.
Biokompatibilni materiali tudi ne smejo sprožiti kemičnih odzivov, ki povzročajo poškodbe v telesu. Na primer, material za stentiranje, ki se uporablja za zdravljenje zožitve arterij, mora biti inerten v krvi. Če ni, se lahko kri začne strjevati ali se pojavijo druge težave. To lahko privede do zapletov, kot je obstrukcija krvi, ki vodi do smrti tkiva. Stvari, kot so strdki, lahko ovirajo tudi samo napravo in povzročijo, da preneha delovati.
Raziskovalci nenehno delajo na razvoju biokompatibilnih materialov, kot sta kirurško jeklo in medicinski silikon, ki jih je mogoče varno uporabljati v telesu. Ti materiali so testirani v laboratoriju za očitne težave, ki bi lahko povzročile njihovo odpoved v telesu. Nove naprave lahko na eksperimentalni osnovi prejmejo bolniki, ki se strinjajo, da jih spremljajo glede znakov nezdružljivosti, kot je zavrnitev naprave. Zdravniki morajo tudi ob opazovanju reakcij na medicinske instrumente in druga orodja, ki jih uporabljajo, predložiti poročila, da lahko proizvajalci na podlagi poročil s terena ugotovijo težave s svojimi izdelki.
Kot so se naučili raziskovalci, biokompatibilnost ni univerzalna. Lateks, na primer, je material, ki velja za biokompatibilnega za mnoge ljudi in je standardiziran material za uporabo v medicinskih cevkah, zaščitnih rokavicah in drugih medicinskih materialih. Nekateri ljudje pa so alergični na lateks in lahko doživijo reakcije, ko so izpostavljeni temu domnevno biokompatibilnemu materialu. Prav tako imajo ljudje včasih nenavadne alergije na kovine, zaradi katerih se njihova telesa odzovejo na kovine, ki so bile pri večini bolnikov uspešno testirane na biokompatibilnost.