Medtem ko sodobni ljudje Saharo mislijo kot obsežno in prepovedno puščavo, je bila za kratko obdobje v zgodovini pravzaprav zelo prijetna. Od okoli 10,000 pred našim štetjem do 4,000 pred našim štetjem je bila Sahara bujna, zelena in rodovitna, s kratkim sušnim obdobjem od okoli 8,000 do 7,000 pr. To obdobje v zgodovini puščave je včasih znano kot »Zelena Sahara« ali »Zeleno obdobje«.
Arheologi so se vedno zavedali, da se je podnebje Sahare skozi zgodovino korenito spremenilo. Naloge mineralov v puščavi so na primer kazale na sledi jezer in rek, v Sahari pa so našli tudi ostanke rastlinskega in živalskega sveta, kar kaže, da je bilo okolje nekoč bolj gostoljubno. Leta 2000 je posadka arheologov, ki lovijo kosti dinozavrov, naletela na pokopališče v Nigru in ugotovila, da je našla sledi civilizacije, ki je živela v Zeleni Sahari.
Več dejavnikov je privedlo do nastanka Zelene Sahare. Sahara je bila puščava že zelo dolgo, toda okoli 10,000 pred našim štetjem se je Zemljina orbita rahlo nihala, kar je povzročilo premik vremenskih vzorcev. Monsuni, ki danes preplavljajo južno Afriko, so se dvignili in izlili vodo v Saharo, kjer je oblikovala vodna telesa. Rastline so se naselile in izkoristile vlažno okolje, sledile pa so jim živali in ljudje, ki so vzpostavili živahne civilizacije. Ko so se vremenski vzorci spet spremenili, se je Sahara za kratek čas vrnila v puščavsko stanje, preden je ponovno ozelenila. Okoli 4,000 let pred našim štetjem je Sahara ponovno postala puščava, zdaj pa se zaradi različnih dejavnikov hitro širi.
Zdi se, da sta v Zeleni Sahari živeli dve ločeni človeški civilizaciji. Prvi je živel od okoli 10,000 pr.n.št. do 8,000 pr.n.št., v prvem obdobju ozelenitve, drugi pa se je priselil v drugem zelenem obdobju. Ko so ljudje živeli v Zeleni Sahari, so za seboj pustili številne zapuščine, kot so lovska orodja, sledi tekstila in umetnin ter grobišča. Več grobišč vsebuje visoko raven cvetnega prahu, kar kaže, da so bili ljudje pokopani na gredicah s cvetjem.
Arheologi še naprej zbirajo dokaze o Zeleni Sahari in ljudeh, ki tam živijo, pri čemer večina teh dokazov prihaja iz izjemno izoliranih in hudih območij puščave. Te ugotovitve ponazarjajo, kako močno se je zemeljsko podnebje spremenilo in kako lahko spremembe podnebja spremenijo človeško civilizacijo.