Ena najhujših nesreč v zgodovini Pensilvanije in Združenih držav se je zgodila 31. maja 1889. Nad zahodno polovico Združenih držav se je več dni gradilo veliko neurje. 30. maja je jugozahod Pensilvanije prizadel poplava, ki je povzročila več kot 8 palcev (20.3 cm) padavin in povzročila poplave v Johnstownu. Osem palcev (20.3 cm) padavin običajno ni katastrofalen pojav, vendar je več drugih dejavnikov vplivalo na poplavo v Johnstownu.
Geografske značilnosti območja, ki ostajajo enake danes, so imele pomembno vlogo pri poplavi v Johnstownu, ki jo imenujejo tudi velika poplava leta 1889. Mesto Johnstown, ustanovljeno leta 1793, se nahaja na stičišču Stonycreek in Male reke Conemaugh. Ti dve reki se združita in tvorita večjo reko Conemaugh. Ker je mesto Johnstown obkroženo z
vodnih poteh je bilo pogosto nagnjeno k poplavam vsaj enkrat na leto zaradi odtajanja snega ali močnega deževja, ki so ga povzročila letna neurja. Nič drugače ni bilo tudi leto 1889.
Johnstown je bil tudi dom jezera Conemaugh, ki je bilo prej znano kot Western Reservoir. Jezero Conemaugh, ki je nastalo z blokiranjem dela reke Little Conemaugh, je bilo prvotno zgrajeno za uporabo v kanalskem sistemu v Pensilvaniji v času, preden je bil transport s parnimi stroji priljubljen. Rezervoar, ki je bil dokončan leta 1852, je obdržal jez South Fork. Jez je imel težave že od samega začetka in je bil glavni dejavnik, ki je prispeval k poplavi v Johnstownu.
Jez, ki nikoli ni bil strukturno zdrav, se je leta 1862 enkrat porušil in povzročil le manjšo poplavo, saj je bil takrat poln le do polovice. Rezervoar je šel skozi roke številnih lastnikov, ki so vsak naredili svoje spremembe. Zapisano je, da je en lastnik odstranil drenažne cevi, tako da jezu nikoli ni bilo mogoče popolnoma izprazniti zaradi popravil. Leta 1879 je rezervoar in jez kupil ribiški in lovski klub South Fork, slavno oddih za ugledna imena tistega časa, vključno z jeklarskim magnatom Andrewom Carnegiejem.
Ribiški klub je naredil dodatne škodljive spremembe na vodnem telesu, vključno z dodajanjem zaslonov nad prelivno površino. To je omogočilo, da so ribe ostale v rezervoarju, povzročilo pa je tudi kopičenje mulja in naplavin, ki so prispevale k slabi drenaži jezu. Na dan poplave je voda na ulicah že dosegla višino 10 čevljev (3.045 m), nekaj čez 3. uri popoldne pa je počil jez South Fork. V Johnstown in okolico je izpustil več kot 20 milijonov ton (18,143.69 kg) vode.
Preostanek te noči so se preživeli v množicah stiskali na plavajočih strehah in prijeli ostanke, da se ne bi utopili. Nekateri so preživeli, veliko več jih je bilo ranjenih, umrlo pa je 2,209 ljudi. Pet dni po tem dogodku sta Clara Barton in organizacija, ki jo je ustanovila nekaj let prej, Ameriški Rdeči križ, prispeli, da bi zagotovili pomoč in oskrbo preživelim v poplavi. Od žrtev je umrlo 99 celih družin, 98 otrok je bilo sirot in 777 žrtev ni bilo nikoli identificiranih. Poplava je ustvarila 124 vdov in 198 vdovcev.
Veliko posesti je bilo poškodovanih ali uničenih. Skupni znesek premoženjske škode je znašal 17 milijonov dolarjev (USD). Več kot 4 milje (6.44 km) mesta Johnstown je bilo uničenih, zaradi česar so mnogi trdili, da je bila Johnstownska poplava ena najhujših naravnih nesreč v zgodovini Združenih držav.