Komisijo za atomsko energijo je ustanovil kongres Združenih držav, ko je leta 1946 sprejel zakon o atomski energiji. Po drugi svetovni vojni je ta zakon prenesel nadzor in nadzor nad atomsko energijo v ZDA z vojaških služb na Komisijo za atomsko energijo, civilno agencijo v okviru zvezne vlade. Na splošno je bila vloga komisije, preden je bila ukinjena, usmerjati raziskave, razvoj in proizvodnjo jedrskega orožja ter miroljubne uporabe atomske energije.
V naloge komisije so bili vključeni vojaški cilji proizvodnje materialov za atomsko gorivo ter preizkušanje in proizvodnja jedrskega orožja. Odgovoren je bil tudi za razvoj jedrskih reaktorjev za civilne in vojaške namene. Končno naj bi Komisija za atomsko energijo usmerjala raziskave o uporabi jedrskih materialov v inženirstvu, pa tudi v fizikalnih, medicinskih in bioloških znanostih.
Upravno je bil imenovan petčlanski odbor komisarjev, ki bo vodil novo agencijo. Ustanovljeni so bili tudi trije glavni svetovalni odbori, ki so zagotavljali prispevke in usmeritve. Komisija za atomsko energijo se je morala posvetovati z vojaškim odborom za zvezo o vsem v zvezi z vojaško uporabo atomske energije. V prvih 10 letih svojega obstoja je večina sredstev komisije šla za razvoj in proizvodnjo jedrskega orožja ter druge vojaške uporabe atomske energije. Skupni kongresni odbor za atomsko energijo je zagotovil kongresni nadzor, splošni svetovalni odbor, sestavljen iz vodilnih atomskih raziskovalcev, pa je Komisiji za atomsko energijo dal potrebne tehnične in znanstvene smernice.
Leta 1954 je ameriški kongres dodal odgovornosti komisije s spremembo prvotnega zakona o atomski energiji iz leta 1946. Spremembe iz leta 1954 so komisiji dovolile prenos informacij o jedrski tehnologiji v druge države in zasebna podjetja. Pri tem je Komisija za atomsko energijo postala odgovorna za nadzor nad širjenjem poslovne uporabe jedrske energije v ZDA. V šestdesetih in zgodnjih sedemdesetih letih prejšnjega stoletja je Komisija za atomsko energijo sodelovala s podjetji v zasebni industriji pri razvoju reaktorjev, ki bi lahko proizvajali električno energijo. Poleg tega je leta 1960 Komisija za atomsko energijo dobila vlogo urejanja varnosti jedrske energetike.
Sčasoma so se razvili konflikti med odgovornostmi komisije za razvoj in regulacijo komercialne jedrske industrije. Zaradi teh konfliktov je ameriški kongres leta 1974 ukinil komisijo za atomsko energijo. Njene pristojnosti so bile nato razdeljene med novoustanovljeno komisijo za jedrsko regulacijo in ministrstvo za energijo.