Bowl Championship Series (BCS) je sistem, ki je bil ustvarjen leta 1998, da bi zagotovili, da bosta ekipi št. 1 in št. 2 v univerzitetnem nogometu vedno igrali med seboj za državno prvenstvo. BCS je sam prinesel polemiko, vendar je nekatere odstranil z odpravo scenarija, v katerem jasno opredeljeni najboljši dve ekipi igrata v različnih igrah s kegljami, pri čemer volivci prepustijo odločanju o prvaku, če zmagata obe.
Razlog, zakaj je bilo nekaj takega kot BCS potrebno v univerzitetnem nogometu, je ta, da je sistem izbire ekip za igre na bowl bolj temeljil na konferencah in ne na lestvicah. Prvak Big Ten bi vedno igral prvaka Pac-10 v Rose Bowlu. Prvak jugovzhodne konference bi vedno igral v Sugar Bowl itd.
Toda če bi bili najboljši dve ekipi v državi iz velike deseterice in jugovzhodne konference, bi bili prisiljeni igrati v ločenih igrah s bowl in določiti enega samega državnega prvaka je postalo težko. Ali pa nemogoče – leto pred uvedbo BCS, 1997, sta prvak Big Ten Michigan in Big 12 prvak Nebraska razdelila državno prvenstvo, ker sta bila oba neporažena in sta oba zmagala v svojih bowl igricah, Rose Bowl in Orange Bowl.
BCS uporablja zapleteno formulo – ki vključuje ankete medijev in trenerjev ter računalniške lestvice, ki med drugim upoštevajo moč urnika – za razvrstitev najboljših ekip v univerzitetnem nogometu. Prvi dve ekipi na lestvici BCS igrata med seboj v tekmi državnega prvenstva, ki se vrti med Rose Bowl, Fiesta Bowl, Orange Bowl in Sugar Bowl. Mesta v ostalih treh BCS bowl igrah zapolnjujejo ekipe z lestvice kot tudi širše selekcije.
Medtem ko je BCS vsaj večinoma dosegel svoj cilj združiti številko 1 proti št. 2, je naredil malo, da bi pomiril tiste, ki zahtevajo sistem končnice v univerzitetnem nogometu, podoben izjemno priljubljenemu košarkarskemu turnirju NCAA. BCS je v svoji kratki zgodovini večkrat naletel na nekakšno polemiko.
Najpomembnejši je bil leta 2003, Južna Kalifornija (USC), Louisiana State University (LSU) in Oklahoma so imeli vsak po en poraz po redni sezoni. USC je bil uvrščen na 1. mesto v vsaki od dveh človeških anket v sistemu BCS, vendar je bil zaradi šibkejšega urnika izpuščen iz tekme državnega prvenstva, na kateri sta nastopila LSU in Oklahoma. BCS je bil deležen veliko kritik za leto 2003, poslabšalo pa se je leta 2004, ko je pet ekip prvič po letu 1979 končalo brez poraza. Pojavljala so se tudi vprašanja glede verodostojnosti in integritete ankete trenerjev, ki se uporablja v BCS. formula.