Struktura bakterij je enostavnejša od strukture drugih organizmov. Bakterije so mikroorganizmi, ki nimajo membransko vezanih organelov in dobro opredeljenega jedra. Običajno imajo eno od štirih oblik, odvisno od vrste bakterije in imajo številne dodatke z različnimi funkcijami.
Bakterije so enocelične, kar pomeni, da so sestavljene samo iz ene celice. Vse, kar bakterije potrebujejo za preživetje in razmnoževanje, razen hrane, je v tej eni celici. Kot taka se je bakterijska struktura razvila na načine, ki omogočajo celici, da učinkovito opravlja svoj posel.
Bakterije so prokarioti, kar pomeni, da nimajo organiziranega jedra. Jedro je organela, v kateri se nahajajo deoksiribonukleinska kislina (DNK) in genetski materiali, potrebni za razmnoževanje v bolj razvitih celicah. Kljub odsotnosti jedra imajo bakterije še vedno DNK, vendar prosto plava v citoplazmi.
Celična stena obdaja citoplazemsko regijo ali notranjost bakterije in deluje kot podporna struktura za celoten organizem. Spodnja plast celične stene je tvorjena iz peptidoglikana, molekule, ki jo sestavljajo aminokisline in sladkorji. To je značilnost, ki je edinstvena za bakterije, zaradi česar je celična stena odporna na notranje in zunanje pritiske.
Peptoglikan daje bakteriji obliko. Oblika dane celice se običajno razlikuje od te vrste in je pomembna podrobnost pri prepoznavanju neznanih vrst. Dve pogosti obliki za bakterije sta bacil, ki je v obliki palice, in spiril, ki je v obliki spirale. Druge pogoste oblike so kokus ali sferična in nitasta, pri kateri posamezne celice rastejo v dolžino, vendar se ne ločujejo.
Obloga celične stene je membrana, ki selektivno omogoča molekulam vstop in izstop iz celice. Citoplazma zapolni območje znotraj celične membrane. V citoplazmi so kromosomi, DNK celice. Citoplazma vsebuje tudi ribosome, ki ustvarjajo beljakovine, ki jih uporablja celica.
Na zunanji strani celične stene obstajajo različni podaljški, ki bakterijam pomagajo pri izvajanju dejanj, kot so premikanje in pritrjevanje na druge predmete. Flagella, filamenti beljakovin, se nahajajo na zunanji strani organizma in premikajo bakterije skozi njegovo okolje. Bakterije imajo lahko eno ali več flagel, odvisno od vrste.
Druga površinska značilnost bakterij so fimbre. Te beljakovinske filamente bakterije uporabljajo za pritrditev na druge strukture. Obstajajo po celotni površini bakterije in so veliko manjše od flagel. Tretja komponenta je niti podobna beljakovinska razširitev, imenovana pilus, ki jo najdemo tudi na zunanjosti celice. Pili pomaga pri konjugaciji in pritrditvi bakterij.