Ko imunski sistem deluje normalno, telo razvije stanje tolerance kot odgovor na lastne beljakovine. V nekaterih primerih pa se lahko razvije stanje avtoimunosti, v katerem imunski sistem prepozna enega ali več telesnih beljakovin in reagira nanje. Ko se to zgodi, lahko imunska reakcija, ki se razvije, resno vpliva na zdravje.
Imunski sistem se je razvil v visoko specializiran odziv, ki prepozna in uniči tuje beljakovine in organizme. V zvezi s tem imunski sistem loči le med »jaz« in »ne-seb«. Beljakovine, ki jih proizvaja telo, so same in sprožijo stanje imunološke tolerance; beljakovine virusov, bakterij, parazitov, rastlin, živali in drugih ljudi, niso lastne in lahko potencialno sprožijo imunski odziv.
Imunološka toleranca je stanje, v katerem se imunski odziv aktivno zavira proti lastnim beljakovinam. V nekaterih situacijah pa lahko telo razvije imunski odziv namesto tolerance na eno ali več lastnih beljakovin. Ta samousmerjen imunski odziv se imenuje avtoimunost.
Najbolj znane avtoimunske bolezni vključujejo sladkorno bolezen tipa 1 in revmatoidni artritis ter multiplo sklerozo in lupus. V vsakem primeru se simptomi avtoimunske bolezni pojavijo, ko imunski sistem napade lastne beljakovine. Nastali imunski odziv lahko povzroči uničenje tkiva, kronično vnetje in druge izčrpavajoče simptome.
V primeru sladkorne bolezni tipa 1, na primer, imunske celice uničijo celice trebušne slinavke, ki proizvajajo inzulin, kar vodi v potrebo po zunanjem viru insulina. Nasprotno pa je revmatoidni artritis posledica celičnega imunskega odziva na sklepno tkivo, ki povzroča kronično bolečino in vnetje. Sistemski lupus se pojavi, ko telo proizvaja avtoimunska protitelesa, ki reagirajo na vrsto beljakovin, ki jih najdemo v skoraj vseh celicah v telesu. Ta oblika bolezni je lahko še posebej nevarna, saj lahko prizadene organe, sklepe, mišice in kri.
Medtem ko splošni vzroki za avtoimunost niso znani, vrsta teorij poskuša pojasniti vzorce razvoja avtoimunskih bolezni v populacijah. Ena teorija temelji na dejstvu, da je pri ženskah večja verjetnost, da razvijejo avtoimunost kot pri moških, poleg tega pa nosečnost poveča tveganje za razvoj avtoimunske motnje pri ženskah. Po tej teoriji se to tveganje poveča, ker so ženske med nosečnostjo izpostavljene fetalnim beljakovinam čez placentno pregrado, kar bi lahko motilo toleranco lastnih beljakovin.
Druga teorija poskuša razložiti, zakaj se je pojavnost avtoimunskih motenj v mnogih zahodnih državah v zadnjih nekaj desetletjih povečala. Higienska hipoteza pojasnjuje, da je povečana osredotočenost na higieno privedla do zmanjšane izpostavljenosti ne-sebnim beljakovinam in zmanjšane možnosti imunskega sistema, da se “nauči”, kako razlikovati med seboj in ne-sebom. Nekaj dokazov za to teorijo je dejstvo, da je avtoimunost veliko bolj razširjena v zahodnem svetu kot v državah, kjer je ena ali več nalezljivih bolezni endemičnih za prebivalstvo.